月球最高监狱，穷凶极恶的伯格罗多星人鲍里斯（杰梅奈·克莱门特 Jemaine Clement 饰）越狱逃亡。他在1969年犯下邪恶罪行，最终被年轻的K（乔什·布洛林 Josh Brolin 饰） 砍掉一只手臂，送入监狱。此次他逃脱的目的，就是穿越时空杀死K。与此同时，J （威尔·史密斯 Will Smith 饰）和K（汤米·李·琼斯 Tommy Lee Jones 饰）一如既往处理各种外星人引起的混乱，因对鲍里斯的案件三缄其口，两个好搭档心生隔阂。 崭新的一天，J发现K消失不见，周围更几乎没人知道K这个人。此时的K已在40年前被鲍里斯杀死，他所建立的A网也不复存在。在这危急时刻，伯格罗多星人大举入侵地球。为了保护家园，J必须穿越时空再次改变历史……

知名电视财经专家李·盖茨（乔治·克鲁尼 George Clooney 饰）在电视财经节目《金钱怪兽》中担任主持人而声名大噪，在节目中经常出现疯狂举动，会大声说出投资建议，不时在节目中用搞笑的道具和音效介绍股市。然而，事实上他是透过内线消息让他在华尔街成为赚钱高手。一名不速之客（杰克·奥康奈尔 Jack O´Connell 饰），因为听信投资分析而赔光积蓄，因此在节目直播中绑架了盖茨与节目制作人帕蒂·芬恩（朱莉娅·罗伯茨 Julia Roberts 饰）。同时全国民众也透过电视在看着这场玩命直播，而这场挟持行动也揭发了背后更巨大的金融操弄丑闻。

故事发生在第一部的四年之后，此时特警K（汤姆•李•琼斯 饰）已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J（威尔•史密斯 饰）则继续从事MIB的工作。 卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把 “萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。 面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相，怎样说服失去记忆的K相信外星人的存在，成了J面临的第一个难题……

雷•费瑞尔和妻子离婚了，一儿一女都跟母亲生活——因为他的的贪玩懒散，疏忽责任，这个家庭才如此支离破碎。一场外星人入侵的灾难却让他们重新建立起亲密的的关系。