本片根据美国作家杰夫·金尼（Jeff Kinney）的同名畅销儿童系列读物改编。第一天升入初中的格雷·郝夫利（扎克瑞·戈登 Zachary Gordon 饰）忐忑不安，拼命想要突出表现成为班级年鉴中的明星。格雷的哥哥罗德里克（戴文·博斯蒂克 Devon Bostick 饰）给了他一堆不能这样也不能那样的忠告，他的好朋友罗利·杰佛森（罗伯特·卡普荣 Robert Capron 饰）却不以为然，继续沿用小学时那一套穿戴、用语、态度，让格雷十分头疼。格雷拒绝了女孩安琪（科洛·莫瑞兹 Chloe Moretz 饰）加入校报的邀请，拉着罗利加入了校安全巡逻队。在逃避万圣节得罪的三个小混混时格雷犯了错误，却又缺乏勇气承认，听任罗利替自己背了黑锅。后续事件的发展越来越糟，格雷在学校的受欢迎度直线掉落，就连他与罗利的友谊都岌岌可危……

故事发生在第一部的四年之后，此时特警K（汤姆•李•琼斯 饰）已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J（威尔•史密斯 饰）则继续从事MIB的工作。 卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把 “萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。 面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相，怎样说服失去记忆的K相信外星人的存在，成了J面临的第一个难题……

地球并不只是人类的天下，其实有1500名外星人生活中我们当中，而星际移民局则处理和外星人相关的事情。 纽约普通警察爱德华兹（威尔·史密斯 饰）因缘际会之下加入了这一组织，成为MIB的一员，代号J，从此没有名字、没有身份，成为特警K（汤姆·李·琼斯 饰）的搭档。 J应对的 第一起事件就是虫族的入侵。亚基伦王子罗斯伯在地球被虫族杀害，而他随身携带的“银河系”——宇宙次原子能源的最好来源也失踪了，若虫族找到，将给亚基伦人带来毁灭性的打击；亚基伦人发出最后通牒，如果地球人不能在一个小时之内交出“银河系”，他们就摧毁地球。 为了地球的安全，K和J不得不挺身而出。

他们是等待法庭判决的被告，这是他们的故事。

当约翰教授出人意料地宣布辞职后，朋友和大学同事都颇为震惊，他们临时在他家里聚会，敦促他解释一番。但约翰提出的原因令他们大吃一惊：约翰声称他有不死之身，生存了14000年，并且不能呆在一个地方超过10年，不然他秘密会被发现。