故事开始于圆明园。深夜，一宫女在一太医掩护下，偷袭了雍正的寝宫…… 雍正暴死，人头丢了。下葬时用一颗金头代替。 乾隆继位，立即多方秘密追查刺杀雍正之人。几番搜查之后，雍正时期文字狱的最大冤主吕留良家族的唯一活口吕四娘被认为正是割走雍正人头之人。(吕四娘从文字狱案逃脱后被江湖上大名鼎鼎的独臂神尼收为徒弟习武，长大后本事甚为了得。)乾隆严命“雍正无头案”不得走漏半点风声，并秘命内廷四大侍卫南下追捕吕四娘。其中领头者为一等侍卫伊尔根。 吕四娘其时正和太医曹太虚奔走在南方的某个小城里，行医卖艺。雍正晚年崇尚金石之术时，曹太虚原是皇上身边的方士之一。 乾隆对此案志在必得，又派特使快马加鞭传旨到南少林，要南少林派人暗中密查吕四娘和曹太虚下落，追回雍正的人头。特使找到南少林的老主持玄通大师，将皇上御赐的龙牌交与他，凭龙牌行事，不得有误。 此时南少林寺内正在热火朝天准备一次三十六房主持的竞选，这次竞选意义非同一般：谁当上三十六房主持，就成为南少林武功第一，也就是半个中国武功第一。寺内上下都明白最有实力者非方世玉与云明二人莫属。 特使提议谁最后成为胜出者，谁就可持龙牌抓人。但玄通明白按照比武规则，世玉和云明进入最终对决必有一死一伤，而且也延误圣命。玄通断然宣布，二人比试南拳七十二式点到为止，谁胜出谁就能凭着龙牌去执行朝廷交给的任务。云明自知武功稍逊世玉，本想在最后的比试中做手脚陷害世玉，以夺得主持之位。面临突然的变动，他顺水推舟，干脆在比试中败在世玉手下。他更想趁此机会，在世玉追查吕四娘行踪的途中杀死世玉，并栽赃给吕四娘。这样他可稳当坐上三十六房主持之位。 方世玉邀请两位老朋友——“江湖老千”卓灵和“神偷”赵大宏(在第一部中本说到大宏已死，但世玉等人发现棺木里是空的，大宏死而复生。疑是三德和尚营救了大宏)一起踏上征程。世玉的恩师、三十六房的创始人三德和尚早已被逐出南少林，得知世玉接受朝廷指派任务出行的消息后，悄悄跟随世玉一行，暗中相助。 泉州知府温荣玉绰号“玉老虎”，与云明勾结，欲在途中加害方世玉。原来他与云明都知晓世玉身上的一个秘密，那便是刺在他背上的一张“藏宝图”。明朝正德年间，倭寇在南少林寺后山埋下了一批珍宝，价值连城。悉知此事的三德和尚将藏宝的地图刻在世玉的后背上，没有留下任何副本。所以杀了世玉，云明可得主持之位，玉老虎可拿着人皮地图起获珍宝。一举两得的事情，唯有联手胜算最大！ 云明和玉老虎想从世玉身边的亲密朋友下手，于是设计欲买通卓灵和赵大宏。卓灵和赵大宏知道了宝藏图，却瞒着对此事不知内情的世玉，打起了自己的算盘：好东西干吗不自己留着？ 另一方面，三德和尚此次跟随世玉的主要目的也是为了保护宝藏图不落人他人之手——其实他并非真正被逐出少林，而是由玄通大师暗中安排在寺外接应南少林，并保护这批珍宝。 世玉一路乔装打扮，和卓灵、赵

自清雍正以来，乐家老店同仁堂被钦定为“御药供奉”，至乐家第八代已声名大震。病家闻名纷纷求药，而日本浪人小野勾结在乐家长大的曹化伦，蓄谋夺走密方药谱。甲午战争，清军赴朝鲜抗敌。乐宏达赶造出十万包“诸葛行军散”，赠送将士，却被药材商人借机抬价，欠下巨款。年关债主逼债，乐宏达借贷无门，愤而变卖祖宅。药材商人得知赠药原因，慨然放弃债权。老店又一次绝处逢生。老店在废墟上重张，乐宏达却因饱受摧残离别人世。弥留之际，正值他的儿子乐同仁满岁“抓阄”。在满桌的官帽、元宝、笔墨、绸缎之间，小同仁却抓起了《同仁堂药典》。

这是一部娱乐性超强的清宫传奇戏，剧中人物忠臣、弄臣、奸臣齐聚朝堂，尽显官场百态。本剧再现历史的同时又不拘泥于历史，通过娱乐的表现形式传达一定的思想内涵，给观众留下思索的空间。

年轻编导季秋和刚刚归国的射击选手周子谦在射击馆因为一次误会相遇，季秋不知道，面前的高个男孩正是小时候躲在自己身后的小不点，只当他是一个刚认识的陌生弟弟相处。周子谦参加全国射击资格赛成功进入八强，决赛当天，令他没想到的是，在比赛现场的观众席前排，又出现了那个让他熟悉的人。后来周子谦受邀参加季秋所在团队的新节目《见面吧就现在》，两人因此产生了工作和生活上的各种巧合与交集，这对欢喜冤家在因缘际会下逐渐真正走进彼此的内心世界。另一边默默守护季秋多年的挚友傅其乐也洒脱放弃了长达十年的暗恋，真心祝福这个他用人生中最美好的十年喜欢过的女孩儿。

1952年，新疆生产建设兵团在山东招女兵，副区长郝玉兰为征兵工作顺利进行，被迫搁置了自己的婚事，带头报名参军，带领着二曼、赵凤、胡彩娥等一批山东妇女来到新疆。在屯垦生活中，这群山东妇女与兵团战士们纷纷擦出爱情火花，建立家庭。冬去春来，在他们辛勤开垦之下，戈壁滩在一天天发生变化，几对夫妻也各自经历了悲欢离合：连长湛涛在一次剿匪中被打坏下身，妻子二曼不离不弃，坚守着自己的爱情；赵凤和葛俊历经磨难最终牵手，赵凤成为马莲窝子小学第一位老师；耿大炮和胡彩娥在吵吵闹闹中哺育着自己的后代。