1948年初，青城发生了一起美军被刺杀案件，特调局要员俞北平（陈建斌饰）被派往青城调查此案。他深知特调局委派自己调查此案的深层目的，旨在甄别自己的身份。深陷危机的俞北平在青城见到失散多年的亲生女儿。女儿身份神秘，正在调查自己。俞北平与现任妻子的女儿徐丹妮在青城上大学，思想左倾，对父亲特务身份嗤之以鼻，正爱着一名有家室的教授，让俞北平很苦恼。俞北平一方面要完成组织最高任务，一方面小心翼翼保护着...

讲述来民国初年，在风云际会的上海滩，一个平凡的小警察邢佳栋饰演的陆常有被推到来时代的风口浪尖，继而发生的种种感情、革命、斗争故事。该剧有个特别之处就是引进了一个全新的行当-翻戏党，导演谭友业表示，该剧故事将镜头对准纵横江湖数百年传奇行当雁门，民国时期又名“翻戏党”，“这一门算是江湖中上的地下党，专以诈术、设局骗取金银财宝，他们这些人是江湖几大门最有智商和谋略，专干大买卖。”

1927年，白色恐怖笼罩中国。 中共地下党夏风和朱雷在咖啡厅秘密接头时，遭到国民党特工高扬伏击。朱雷十二岁的女儿朱美云，亲眼看见父亲死在自己面前。夏风重伤被俘，他的未婚妻、进步学生陆玫，强忍悲痛，带着朱美云匆匆逃离。十年后，上海沦为孤岛。已是中共炸弹专家的陆玫与组织失去联系，流落上海。成长为狙击手的朱美云一心为父报仇也返回了上海。两人与仇人高扬不期而遇。民族大义下，他们求同存异。爱国护士孟香兰，青帮阔少赵非以及保镖叶三，女游击队员铁妞等先后加入，一支独特的敌后抗日小队就此成立。

本剧根据徐克执导的3D武侠电影《龙门飞甲》改编，延续了龙门客栈的传奇，结合了宫闱之争的秘史，既是一场刀光剑影，尔虞我诈的乱世江湖，又是一段腥血雨，勾心斗角的深宫谍影。

1932年，从东北流亡到上海的爱国青年纳兰东，召集了余夏、曲枫、程诺、爱迪生等人组成了民间抗日特战队，在残酷的环境下与日军深谷大佐等人展开了周旋，力图截获日军军部制定的《武装租界日侨计划》。在此过程中，有一个代号为“雅典娜女神”的复仇者若隐若现的出现在特战队的行动中。特战队与琉璃子在一次次获取计划的行动中结下了深厚的友谊，并共同与日本侵略者展开了殊死较量。上海的地下党董重阳和方洁暗中注意到了特战队与琉璃子的行为，积极引导他们成为党的外围组织。董重阳牺牲之后，纳兰东坚定地提出入党申请。此后，纳兰东在最艰苦的环境下深入敌后，瓦解了深谷大佐的多次行动计划，成长为一名坚定的共产党员。