剧本围绕小主人海婴、默默及周围水族动物在海洋世界中，所发生的各种各样的惊心动魄、浪漫感人的故事。塑造了一个个善良、勇敢、诚实的人物形象。并通过他们所经历的充满奇趣、幻想的历险，表达了积极乐观，不畏艰险的主题思想。
虽然充满了各种神奇的历险，却始终贯穿着海婴寻找母亲，拯救母亲的情感主线。通过无数次磨难、相见与分离，淋漓尽致地展现了母爱的伟大和孩子对母爱的渴求。
故事不仅展现了人类世界，还展现了海洋世界和神的世界。小女孩海婴以自己渺小微弱的身躯冲向大海深处，寻求制服烈焰魔王的法宝，可见她对人类和自然的爱。以鱼兄弟为主的海族动物们，虽然顽皮淘气，但能不惜生命地帮助海婴完成使命，其中也蕴含着它们保卫生存家园的信心和决心。在明慧仙子，魔卡等人构筑的神的世界中，爱与和平也永远是不可战胜的正义力量。
成长是本故事要表现的另一个重要主题。人总是要经历事情才能成长的，如果一个孩子一直处在温暖的安乐窝中，随着岁月的流逝，成长的只能是身体，而他的心灵将永远封闭停留在原始的状态，不得开化。剧中的小主人公海婴从小生长在渔村，无忧无虑，突如其来的危险把她带入了接连不断的经历中，从此她也开始了充满艰辛和挑战的成长历程。在情感方面，海婴由开始不知道母亲是谁的追问疑惑，到确定自己身世后的不倦寻找，再到和母亲相遇却不能在一起的生离死别，最后到化小我为大我、全身心投入到拯救渔村拯救大海的战斗中，这个过程里，海婴的情感一次次地受到打击，又一次次地坚强起来，逐渐地，海婴不再是那个幼稚脆弱的渔村姑娘，而成长为一个敢于面对邪恶，敢于面对挑战，敢于面对悲欢离合的可爱小英雄。其他人物，比如默默、兄弟鱼等，也在跟随海婴的路上不断地磨练，不断地发现自我和重建自我，改变了曾经的懦弱、狭隘和不懂事，成长为有勇气，有智慧、有人（鱼）格的一群。当然，除了心理的成长，体格的成长也是自然而然的，小主人公们出生入死，风里来雨里去，必定也会成长出一副好体魄！
