- 剧本围绕小主人海婴、默默及周围水族动物在海洋世界中，所发生的各种各样的惊心动魄、浪漫感人的故事。塑造了一个个善良、勇敢、诚实的人物形象。并通过他们所经历的充满奇趣、幻想的历险，表达了积极乐观，不畏艰险的主题思想。 虽然充满了各种神奇的历险，却始终贯穿着海婴寻找母亲，拯救母亲的情感主线。通过无数次磨难、相见与分离，淋漓尽致地展现了母爱的伟大和孩子对母爱的渴求。 故事不仅展现了人类世界，还展现了海洋世界和神的世界。小女孩海婴以自己渺小微弱的身躯冲向大海深处，寻求制服烈焰魔王的法宝，可见她对人类和自然的爱。以鱼兄弟为主的海族动物们，虽然顽皮淘气，但能不惜生命地帮助海婴完成使命，其中也蕴含着它们保卫生存家园的信心和决心。在明慧仙子，魔卡等人构筑的神的世界中，爱与和平也永远是不可战胜的正义力量。 成长是本故事要表现的另一个重要主题。人总是要经历事情才能成长的，如果一个孩子一直处在温暖的安乐窝中，随着岁月的流逝，成长的只能是身体，而他的心灵将永远封闭停留在原始的状态，不得开化。剧中的小主人公海婴从小生长在渔村，无忧无虑，突如其来的危险把她带入了接连不断的经历中，从此她也开始了充满艰辛和挑战的成长历程。在情感方面，海婴由开始不知道母亲是谁的追问疑惑，到确定自己身世后的不倦寻找，再到和母亲相遇却不能在一起的生离死别，最后到化小我为大我、全身心投入到拯救渔村拯救大海的战斗中，这个过程里，海婴的情感一次次地受到打击，又一次次地坚强起来，逐渐地，海婴不再是那个幼稚脆弱的渔村姑娘，而成长为一个敢于面对邪恶，敢于面对挑战，敢于面对悲欢离合的可爱小英雄。其他人物，比如默默、兄弟鱼等，也在跟随海婴的路上不断地磨练，不断地发现自我和重建自我，改变了曾经的懦弱、狭隘和不懂事，成长为有勇气，有智慧、有人（鱼）格的一群。当然，除了心理的成长，体格的成长也是自然而然的，小主人公们出生入死，风里来雨里去，必定也会成长出一副好体魄！
- 1947年秋的陕北，一个大雾弥漫的早晨，小理河边的青石峁村头，爷爷、奶奶送走了最后撤离的儿子和儿媳，领着孙子狗狗又默默地回到自己殷实的家院。为躲避胡宗南军队的侵扰，全村人都撤走了，可爷爷却离不开自己的窑洞和土地。他有他的生活哲学，自己是"靠双手在黄土里抠日月"，既不靠红军也不靠白军，有什么可怕的？正当爷爷看着孙子与狗在一起玩耍嬉戏的时候，一支精干的敌人小部队进了村，并在爷爷院子里安营扎寨。电台的军官一进来就开枪打死了爷爷的家犬，那凄厉的枪声响在爷爷的心上。这是一支执行特殊使命的部队，深入腹地是为搜寻转战中的我党中央的踪迹。这支部队里有一个老马夫，领着他可怜巴巴的儿子，还有两个青年女兵，爷爷默默地观察着这些人。在首蓿地，爷爷知道了老马夫的身世，对他产生了同情。士兵中普遍厌恶这场战争。传令兵与孤儿出身的俊俏女兵偷偷恋爱，密谋私逃，但他们的行动被军官发现了。军官为杀一儆百，对他们施以酷刑，传令兵不堪人格侮辱冲向军官，被军官打死。爷爷目睹这一切非常震惊。小理河畔，俊俏女兵苦求老马夫设法帮她逃跑，老马夫想到了爷爷。河神庙里，老马夫求爷爷把有关这支通讯部队的情报通知游击队，他深知，只有当了八路军的俘虏，他的儿子和俊俏女兵才会得救，不料爷爷却似乎无动于衷地跑了。爷爷跑到苜蓿地报告了游击队的大胡子，他不能事先泄露自己的心计！游击队包围了小院，摸掉几个哨兵之后，枪声四起，军官负隅顽抗，企图炸毁机器，但他无法逼近被火力封锁了的窑洞。他冲入草棚逼老马夫冲出去，为保护自己的独苗，老马夫死在弹雨之中。为救军官，圆脸女兵逼俊俏女兵冲出去吸引游击队的火力，俊俏女兵得知传令兵死去的消息后精神失常，被军官一枪打死。军官冲入爷爷窑中，爷爷用门杠把军官打倒！战斗结束了，爷爷掩埋了老马夫与俊俏女兵的尸体，默默地送独子参军，去迎接新中国的曙光！ 影片没有从正面反映战争，而是撷取了一个狭小的农家院落，一次微不足道的战斗。它表现了主人公爷爷淳朴、勤劳、谦逊，也写了他的倔强、固执、愚钝、土气。他是一个普通人的英雄，英雄的普通人。即使对于另一营垒中的军官，影片也把他作为普通人来写，不搞脸谱式的形象。创作都试图测战争对每个人心理的冲击，让每个人物都不由自主的作淋漓尽致的“表演”。
