战舰上尘封在初号机里14年的真嗣终于苏醒过来，与美里、律子、明日香还有东治的妹妹再会。众人口中，真嗣得知自己已沉睡14年，但他发现明日香却一点也没有变化。与此同时，战舰受到EVA的袭击，陆地上，明日香找到真嗣的控制舱，舱内的真嗣再度进入自闭状态，明日香只好拽着真嗣走。此时丽也出现，于是三人一起走向远方。

2000年，在被称为“第二次冲击”的大灾害中，地球上近半数的人类失去了生命，世界各地一片狼藉。15年后，人类已经重建了家园，而不明巨型生物“使徒”却又频频来袭。　　14岁的少年碇真嗣应父亲之召从避难地来到第三新东京市，刚到不久，就被卷入了军队和使徒的交战之中，危急时刻，一名美女出现救了真嗣。　　美女是特殊机关NERV的官员葛城美里。葛城将真嗣带到了他的父亲——NERV总司令碇元渡面前。见到久别重逢的儿子，碇元渡并无半句温存的问候，而是直接命令他立刻坐上秘密开发的巨大机器人武器EVA初号机出击击退使徒。　　性格内向又胆怯的真嗣不满父亲的不近人情，不肯出击。然而，当他看到少女驾驶员绫波丽身受重伤却不得不坚持上阵时心中不忍，于是勉强坐上了EVA。　　从未接受过训练的真嗣初次出击，然而他所面对的是一场生死攸关的大战。掌握着世界命运的少年将如何作战？而“第二次冲击”背后的“人类补完计划”的真相又究竟是什么？

工藤新一，帝丹高中二年级学生，与小兰是青梅竹马，两人感情很好。继承了父亲的超强推理能力，被誉为高中生名侦探。他喜欢看推理小说，最崇拜福尔摩斯，另外踢足球的水平也是一流。不幸被卷入黑衣组织的交易被灌下毒药APTX4869，但是没有死，只是变成了小孩，改名江户川柯南（取自两个侦探小说里的人名）。幸亏智力没有衰退，还可以帮着毛利小五郎办案以寻找黑衣组织的线索，而体力上的不足靠阿栗博士的发明来弥补。变小后就读于米花小学1年纪B班，认识了步美、元太、光彦三人，还成立了少年侦探团。不管是变小前后，都是音痴，唱歌走音非常夸张。 知道他真实身份的有：阿栗博士、他父母（听博士说的）、服部平次（与柯南一起破案过程中自己发现的）、怪盗Kid（与柯南的较量中自己发现的）、灰原哀（变小前奉黑衣组织之命调查新一时发现的）。因为变小后有和小兰一起洗澡，还睡同一张床，所以柯南最怕自己的真实身份被小兰知道，否则小兰的空手道攻击可不是说笑的。

CLAMP学园里是一个由幼儿园、小学、中学、大学及研究所一同组成的超级学院, 是「妹之山」财团为了培育优秀的人才而设立的巨大学术都市。而小学部学生会会长就是妹之山财团的继承人 - 妹之山残。他与两个左右手 - 武斗技术超群又冷酷的书记鹰村苏芳, 和头脑灵活又温文的会计伊集院玲, 组成无可匹敌的学生会 (?!) 在残好管闲事的性格下, 学园内发生的大小事项,

也不知是过去还是未来的年代，“外星移民”早成了平凡的存在。贫穷考生真由子寄居在“荏之花”澡堂的阁楼，一天到晚三餐不继却还得养活个吃白食的外星懒虫。于是万丈波涛滚滚而来。外星小孩妮娅最大的爱好就是收集垃圾，从中回收剩余物资再造飞船。头上没有像其他外星人样生着天线，被蔑称为“低等外星人”却从未在意，在自己的曲调早活得优哉游哉。真由子的认真清苦，真由子的胆小谨慎，在那外星小孩的心无城府面前，忽然变得意义不明。严肃刻板与大而化之的碰撞，带着轻捷的喜剧色彩，余音早又有些淡色水彩般的惆怅。