该剧讲述了淞沪战役背景下，国民党猛虎团在谢云汉的带领下，以及多方人士的帮助下与日军展开了一场斗志斗勇的较量。

2003年3月13日夜，平津市一别墅内华商集团总裁安权与一神秘人物密谋良久后，《知情者》相互开怀大笑--一个耗资10亿资金的惊天阴谋由此展开。数日后，平津市的股市发生了翻天覆地的变化，全市经济为之动荡!这一现象引起了省，市领导的高度重视。立即责令有关部门成立专案组展开调查。与此同时，市财经大学教授王道民在作市场经济研究之时已发现此事与华商集团有密切关系，其学生龚学木偶得王道民的报告书。以此要挟华商集团未果，反遭毒杀，这一举动使安权意识到此事败露，报告书究竟自何人之手?还有多少知情者。华商集团虽为国内知名企业，而实际为一幕后神秘人物所操纵的黑社会团伙，其势力已涉及到省，市高层领导，面对这一致命威胁，安权下达"清杀令"，载脏，陷害，谋杀相继而来，知情者危在旦夕。

根据毛泽东特赦的贵州布依族美貌女匪首程莲珍的真实事件改编的，讲述了1950年，贵州黔东南的土匪依旧占山为王为害百姓，其中以郑幺妹的女土匪为首的一伙匪帮，袭击新建的人民政权，杀害无辜乡民，我西南解放大军动用十万兵力对川贵地区进行全面剿匪，土匪帮被大部围歼，郑幺妹潜逃，终被抓获。得到毛主席的批示，予以特赦。

重庆军统王牌特工郑耀先，以狡黠机智，心狠手辣在军统和地下党同时闻名。郑耀先其实就是潜伏在军统的共产党特工“风筝”，为了确保“风筝”像一把尖刀始终刺在敌人的心脏上，在最关键时刻给国民党致命一击，郑耀先不得不成为自己同志眼中心狠手辣，人人得以诛之的军统六哥。郑耀先逃过了重庆地下党和中统的双重暗杀，大难不死。军统上层表面上对郑耀先嘘寒问暖，其实已经开始对他怀疑，派他去延安和潜伏在延安深层的军统特工“影子”接头，而郑耀先也想趁此机会查出“影子”是谁。在延安的时候，郑耀先见到了他一向钦佩的中共侦查科女科长，巾帼英雄韩冰。高手过招，跌宕起伏。回重庆后，上线的牺牲让他和组织失去了联系，只得周旋在地下党、军统、中统三方中继续任务。解放后，他化名国民党留用人员周志乾，以一种独特的方式继续为组织提供重要情报。在自己“风筝”的身份被组织证实后，他仍然以隐蔽的方式，协助公安局破获多起潜伏特务。在三十多年的情报员生涯中，他被敌人长期追杀，甚至要忍受着妻离子散。

电视剧《暗算》分三个部分，分别是——第一部《听风》、第二部《看风》、第三部《捕风》。《听风》，即无线电侦听者；这是一群“靠耳朵打江山”的人，他们的耳朵可以听到天外之音，无声之音，秘密之音。《看风》，即密码破译的人；这是一群“善于神机妙算”的人，他们的慧眼可以识破天机，释读天书，看阅无字之书。《捕风》，即我党地下工作者；在国民党大肆实施白色恐怖时期，他们是牺牲者，更是战斗者，他们乔装打扮，深入虎穴，迎风而战，为缔造共和国立下了不朽的丰功伟业。