1937年10月，日本大特务吉田以学者的身份，在荣杰的陪同下潜入鄂尔多斯，与早就潜伏的特务布谷鸟密会，商议用重兵把成吉思汗陵强迁到日本，如行动失败就炸毁成陵，来实施东条英机征服蒙古的大魂计划。和日寇狼狈为奸的德王爷，利用参加成吉思汗诞辰770年的机会，威逼利诱鄂尔多斯的正副盟长沙王爷、达王爷与他合作。国民党的白专员也想把达王爷拉拢到南京。却被他的副官、吉田的学生布林告密，途中被日本特务杀死。达王爷被日寇抓起来，百般折磨逼其当傀儡。同时为逼沙王爷就范，将他的女儿多兰抓起严刑拷打。 　　生死存亡之际，沙王爷联合各蒙古部落，大祭祖先成吉思汗杀敌利器战神苏勒德，通电全国誓杀日寇。吉田同布林设计，让布林救出多兰，骗取多兰感情的同时取得沙王爷的信任。但布林又陷入与秀子(布谷鸟)的感情纠葛中。 　　日寇装扮成国民党军队，欲占领并伺机炸毁成陵。关键时刻，荣杰带领蒙骑独力旅与沙王爷率领的王府骑兵合作又一次粉碎日寇的阴谋。东条英机恼羞成怒，撕去伪装，派兵大举进攻。被荣杰揭露身份的布林在秀子刺杀沙王爷之时，为保护沙王爷死在秀子枪下。在吉田率日军气势汹汹杀来时，沙王爷率领卫队在荣杰的机智配合下，将具有伟大民族精神象征的成吉思汗陵西迁，完成一次伟大的民族壮举。

在少林寺传奇3的演员阵容颇为豪华，除了第一部的李渊、谢苗、孙卉凝、潘元甲等老班底，还加入了嵩山少林寺武僧--徐鹏军（法名：释延君）和武打童星曹骏，全国武术冠军许明虎，以及大哥大--洪金宝的加盟！另外，鲍国安将再次与都晓导演合作，出演《少林寺传奇3》。曾在《少林寺传奇1》中，鲍国安饰演剧中的少林寺方丈，深受观众的喜爱，这次鲍国安老师再次扮演少林寺方丈。计春华则将从以往的反面变身正派！

李桂香是老张的后老伴儿,自打进了张家小院，善良的李桂香任劳任怨，悉心照料着老张，操持着一大家子的吃喝拉撒，但仍没得到张家子女的认可和接纳。老张的女儿圆圆是火车上的一名列车员。这天，刚回家的圆圆看到生母的照片被李桂香和老张的结婚照替换了下来，顿时大怒，上前摘下结婚照，不慎摔了个粉碎，把“忘本”的老张和“另有所图”的李桂香劈头盖脸好一通数落，哭着跑了出去。老张的小儿子久祥非常疼爱妹妹圆圆，他劝说圆圆看在父亲的情份上与李桂香和平相处。

隋朝末年，天下大乱。各路诸侯，自立为王，硝烟不断，百姓遭殃。十三个平民百姓虽然出身不同，但都被乱世所害逼入绝境。经历了无数的腥风血雨，他们怀着家仇国恨，循入空门。但是黑暗势力依然不放过他们，死亡当头，他们为求自保，苦练武功。为了天下太平，这十三个和尚救护明君李世民，灭掉了凶残的王世充，演出了一曲英雄壮歌。

该剧讲述了完成西行任务的少林寺和尚，再次受康熙委派，护送归顺的万寿山将军和冰玉公主东归京城的故事。