电影《海的尽头是草原》根据历史上“三千孤儿入内蒙”的真实事件改编：上世纪五十年代末，新中国遭遇严重自然灾害，大批南方孤儿面临营养不足的危机。在这个关头，内蒙古自治区党委、政府主动向中央请缨，本着“接一个，活一个，壮一个”的原则，将近3000名孤儿接到了大草原上，交给淳朴善良的牧民们收养。在这里，远离家乡的孩子们将要学着融入新的环境和家庭，面对新的家人。而他们所有的不安与伤痛，都将被感天动地的人间大爱一一化解。

1937年10月，日本大特务吉田以学者的身份，在荣杰的陪同下潜入鄂尔多斯，与早就潜伏的特务布谷鸟密会，商议用重兵把成吉思汗陵强迁到日本，如行动失败就炸毁成陵，来实施东条英机征服蒙古的大魂计划。和日寇狼狈为奸的德王爷，利用参加成吉思汗诞辰770年的机会，威逼利诱鄂尔多斯的正副盟长沙王爷、达王爷与他合作。国民党的白专员也想把达王爷拉拢到南京。却被他的副官、吉田的学生布林告密，途中被日本特务杀死。达王爷被日寇抓起来，百般折磨逼其当傀儡。同时为逼沙王爷就范，将他的女儿多兰抓起严刑拷打。 　　生死存亡之际，沙王爷联合各蒙古部落，大祭祖先成吉思汗杀敌利器战神苏勒德，通电全国誓杀日寇。吉田同布林设计，让布林救出多兰，骗取多兰感情的同时取得沙王爷的信任。但布林又陷入与秀子(布谷鸟)的感情纠葛中。 　　日寇装扮成国民党军队，欲占领并伺机炸毁成陵。关键时刻，荣杰带领蒙骑独力旅与沙王爷率领的王府骑兵合作又一次粉碎日寇的阴谋。东条英机恼羞成怒，撕去伪装，派兵大举进攻。被荣杰揭露身份的布林在秀子刺杀沙王爷之时，为保护沙王爷死在秀子枪下。在吉田率日军气势汹汹杀来时，沙王爷率领卫队在荣杰的机智配合下，将具有伟大民族精神象征的成吉思汗陵西迁，完成一次伟大的民族壮举。

世纪之交，沙尘暴在鄂尔多斯高原肆虐，“沙进人退”的悲剧愈演愈烈。与此同时，一场羊绒大战正在上演。羊绒的迅速升值，促使羊群迅速膨胀，而随着“羊进草退”的“草畜矛盾”日益尖锐，生态环境的恶化为人类敲响了警钟。新上任的旗委书记腾格里深刻理解中央关于“转变经济发展方式”、“人与自然和谐共处”的治国理念，痛定思痛，向传统挑战。他从岳父岳母用几十年心血和汗水在沙漠腹地创建出的“天堂草原”得到启示，决心从禁牧、休牧、轮牧、舍圈饲养、以草定牧等一系列措施入手，促使生产方式转变，走出一条人与自然和谐发展的道路。这场变革引发剧烈的矛盾斗争，政坛上以副旗长巴根为代表的既得利益者，以前旗委书记艾力为代表的保守势力，以大姐夫为代表的受益于山羊养殖的牧民，以小舅子为代表的羊绒贩子等，对腾格里所实施的变革设置重重阻力。腾格里冲破艰难险阻，闯出一条“绿进沙退”的康庄之路，谱写了一曲人与自然和谐相处的华彩乐章。

影片选取1945年10月乌兰夫“单刀赴会”解散伪内蒙政府维护祖国统一真实历史事件，讲述老一辈无产阶级革命家乌兰夫同志，临危受命，运用智慧解决所谓的“内蒙古人民共和国”临时政府，最终带领内蒙古走上了民族区域自治之路的故事。

草原牧民萨日娜热爱草原。她不顾个人安危，坚持与破坏草原、监挖药材的一伙人斗智斗勇。作为一位世代生活在巴尔虎草原上蒙古族后代，他面对日益沙漠化的美丽草原忧心 忡忡。她卖掉了家里的羊，抵押草原使用证，从银行贷款买来沙棘和麦杆。固沙种树，渴望草原恢复西日的无边绿色。