光之战士奥特曼解除外星人与怪兽的侵略危机后离开了地球，人类迎来了欣欣向荣的时代。多年过去，危机又悄然接近，而继承了光之遗传基因的新英雄诞生了。只不过这位英雄不是当年的那位巨人了，他身穿装甲，体型和人一样。而且，他还是一位高中生。他的名字叫早田进次郎，新一代奥特曼的战斗就此拉开了序幕。

距离鸣人跟随自来也离开村子外出修行已经过去了两年半。时光流逝，修行归来的鸣人与已经成长了的伙伴们再次重逢，并继续朝着“成为火影”的目标而努力着。与此同时，曾经计划捕获九尾妖狐的忍者组织“晓”，也在长时间的沉默后终于开始行动，将目标指向了拥有“尾兽”的忍者村。鸣人与“晓”，双方之间的冲突一触即发。自《火影忍者疾风传》播出的时点起，已共有8部火影忍者剧场版上映。加上《火影忍者》第一期时上映的3部剧场版，合计11部。

本作是一部青春爱情喜剧，故事以假装成恋人的两人——日本黑道“集英组”头目的独子一条乐，与美国黑帮“蜂巢”的当家千金桐崎千棘，还有一条乐所暗恋的女生小野寺小咲的三角关系为中心展开；随后又加入了性格各异的新角色——鸫诚士郎、橘万里花、奏仓羽。

异世界正反两派在一次大规模群架中，正方首领鲁本船长被反派四大恶魔之一的影魔自爆偷袭，身受重创，灵魂寄宿于随身佩戴的刀中，力量变成灵魂碎片散落在异世界各地。失去了领袖的正方被反派打的节节败退，无数的英雄被打成碎片无法复活，剩余的英雄也朝不保夕，只有成为人类的召唤英雄才能够借助人类的力量重新复活逃过一劫。此时，现实世界中主人公谭小基无意间被卷入异世界并且成功唤醒了船长，异世界再掀风云，我们的故事也从此开始。

不久的未来，人类在与病毒性寄生生物「原肠动物」的战争中败北， 被驱逐至狭窄的领土，带著恐惧与绝望苟且偷生。 在如此封闭幽暗的世界── 居住於东京地区的少年──莲太郎，为对抗原肠动物的专家「民警」一员，从事危机的工作。 他的搭档则是有点早熟的小女孩──延珠。 以特殊能力战斗的两人，某天接获政府的特别命令，内容则是避免东京毁灭的高度机密任务…… 以近未来为舞台，充满战栗气息的英雄动作钜作，就此开幕！