描述的是警队精英队伍“反恐组”（CTU）专责搜集情报及打击恐怖活动，当中三位个性不同但外貌同样标致的女干探宋乐琦（郭羡妮饰）、姚丽花（佘诗曼饰）及唐宝儿（杨思琦）均表现出色的故事。

1996年，紫荆城，警队谈判专家卓智伟的搭档因警队腐败案被杀害，卓遭陷害，成为嫌疑人。他劫囚车逃回警察总部，绑架警察作人质，一边抵抗着警方进攻，一边与谈判专家谢家俊斡旋。最终二人联手查出真相，真凶伏法。

谈判专家卓文伟（刘青云 饰）意外成为一桩命案的头号嫌犯，被逼无奈下他占领警署挟持警察作人质，并指定前谈判专家谢家俊（吴镇宇 饰）与自己对话。擅长攻心的谢家俊与技巧高超的卓文伟反复拉锯，唇枪舌战间，两人的立场与心态逐渐发生改变……

闻名赌坛的“魔术手”石一坚（周润发 饰）在参加好友龙叔（姜大卫 饰）的海上生日派对时，突遭来路不明的女杀手伏击，后得知她们受旧敌D.O.A组织派来灭口，而她们的目标不仅是杀死石一坚，更要捉拿携组织一百五十亿美元资金潜逃的会计小马（张家辉 饰）。 为保护小马及粉碎D.O.A的阴谋，石一坚与徒弟Vincent（余文乐 饰）前往泰国，结果与小马及其女儿初一（王诗龄 饰）结成患难拍档，并经历一连串奇遇；期间，石一坚还与旧情人莫愁（刘嘉玲 饰）重逢，两人再续前缘。但让众人始料未及的是，这时D.O.A已布下了一个更大的圈套……

以“审判者”自居的神秘杀手Darker公开挑衅警方，接连发出“死亡通知单”，收到之人都会被残忍处决。为查清真相，爆炸案目击者黄少平（古天乐 饰）、天才警察罗飞（张智霖 饰）、专案组组长韩灏（吴镇宇 饰）纷纷入局。Darker究竟是谁？真相不断反转，惊人的秘密逐渐浮出水面……