- 某个黑夜,一名间谍潜入日本警察机关企图盗取一份机密文件,这份文件内容中含有英国“MI6”、德国“BDN”、美国“CIA”,甚至还有“FBI”等各国谍报机构的相关人员名单。千钧一发之际,安室透率领的日本公安赶到,间谍夺车逃跑,高速公路大桥上上演激烈追逐战,其他的车辆也被卷入其中,眼看要酿成惨重事故的瞬间,间谍的车被FBI赤井秀一用来复枪射中,从大桥坠入海中。 第二天,柯南等人来到东都水族馆游玩,他们在巨大摩天轮底下,发现了一位独自一人又负伤的漂亮女子,仔细一看她的两只眼睛的瞳孔颜色不一样,也就是俗称的“阴阳眼”。可是,这位女子已经是连自己名字都不记得的失忆状态,带的手机也已经损坏。为了帮助她找回记忆,柯南等人约好了和她同行。没想到,这一切都被贝尔摩德暗中监视着……
- 位于东京的东都线地铁开通当日,一起针对东京都知事朝仓优一郎的炸弹袭击事件爆发,导致东都线列车损毁。经过一番推理,柯南等人认定这与8年前朝仓主持负责的北之泽水坝的修建有关。当年为了修建大坝,朝仓动员北之泽村的人民搬入新村,可是仍有许多人反抗到最后阶段。为了探明真相,柯南等人开赴白雪皑皑的北之泽。在这片纯净的雪国,少年们尽情玩耍,与此同时他们也遇到了几名原北之泽村的村民,山尾溪介、远野瑞希、立原冬美等人。他们是从小一起长大的好朋友,而彼此之间似乎又有着某种芥蒂和秘密。