在非洲游历了一圈之后，纽约中央公园的四位明星们继续回到纽约，回到中央公园的旅程。不过，只要旅途中有猩猩和那群企鹅的“帮忙”，旅程就没有想象中的那么顺利。在蒙特卡洛的一家赌场里，由于大家的耍宝，大闹赌场，进而招致了心狠手辣的动物管理局上尉杜波依斯（弗兰西斯·麦克多蒙德 配音）的围追堵截。为了逃过追捕，大家逃进了一个在欧洲进行巡回演出的马戏团。在马戏团里，大家延续着“马达加斯加”式的幽默，笑料百出。虽然，欧洲这一路上的旅行并不顺利，不断受到杜波依斯上尉的追捕威胁，不过大家一直怀揣着回到纽约中央公园的梦想。在马戏团，还帮助了东北虎维塔利（布莱恩·科兰斯顿 配音）、美洲虎吉亚（杰西卡·查斯坦 配音）以及海狮斯蒂芬诺（马丁·肖特 配音）重拾对马戏表演的信心。

为了追求自己的“兔”生意义，年少轻狂的比得兔（詹姆斯·柯登 配音）踏上了背井离乡的路并成功赢得老江湖巴拿巴的青睐、成为了团伙中的扛把子，怎料却将追随而来的昔日老友们推入死亡陷阱。幡然醒悟后，比得兔化身“兔界阿汤哥”带领同伴展开海陆空三栖大营救。高空跳伞、水下救援、雪山速滑、快艇追击，无所不能。在这场冒险旅途中，比得兔收获了友情，理解了亲情，最终实现了自我成长，成为真正的“兔一哥”。

印度黑色喜剧。一个瞎眼的盲眼琴师，遇上一个将改变他生命的女人。然而，出乎人意料的是，一件命案发生了，原来每个艺术家背后都有一个不为人知的秘密。

延续前一集的剧情，狮子亚利克斯（本·斯蒂勒 配音）、斑马马蒂（克里斯·洛克 配音）、长颈鹿麦尔曼（大卫·史温默 配音）、河马格洛丽亚（贾达·萍克·史密斯 配音）以及企鹅们，为了能离开马达加斯加岛回到五光十色的纽约，大家对一架破旧的失事飞机进行维修改造，并成功起飞。当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时，飞机却意外降落，迫降到了非洲大草原上。在这儿，狮子亚利克斯终于见到了它的父母。但是由于生活习性上太多不一样，而且言行举止各异，使得这群纽约来的动物们显得格格不入。这群昔日纽约中央公园的动物明星们，在这野外艰难的环境中应该怎么办？虽然在这儿遇见了自己的同类，但因为习性不同，使得自己无法完全融入他们的群体。为了能融入环境，与同类们建立良好的关系，大家都施展出各种招式，笑料百出。

杰西（杰森·詹姆斯·里希特 饰）是一个由他人代养的孩子，他离家出走逃到海洋公园，跟那里的一只想念妈妈的小鲸鱼威利交上了朋友。当黑心的公园主人为了骗取保险金，打算杀死鲸鱼威利时，杰西奋不顾身救朋友一命。就在这个时候，为了让鲸鱼威利得到自由，重归大海，孩子和所有善良的大人做了一件事——盗走鲸鱼威利，将它放生。他们连夜行动，冲过阻拦的人群来到大海，鲸鱼威利一跃而起，被放回大海，与母亲重逢。此时，孩子和成年人的想法也发生了变化。