女高中生立花萤由于某起事件而半强迫地加入了生存游戏。她被牛郎以及工口漫画家等独具个性的伙伴们包围着，在毫无办法只得进行游戏的过程中感受到了生存游戏的魅力，并以大赛为目标……

幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天，“这样的时间能够一直持续就好了”理树所期望的只有这样。某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍，理树则开始了寻找成员的任务。在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们，和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。经历了许多快乐的事情，同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。在最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。然而，这并不是结束，和来谷唯湖之间的故事，理树与铃的故事，以及理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。Little Busters真正的物语，自此开始。

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普通高中生如月龙司的平稳生活，自从表姊回国后便大为改变。和她一起抢来的箱子里面，竟然有个龙族少女！ 　　被取名为萝丝的少女不知为何对龙司十分倾心。同时，以她为目标的黑暗组织也开始行动。为了保护萝丝，龙司决定超越自己过去的心灵创伤而面对战斗。

就读水明艺术大学附属高中的神田空太，一年级夏天时在宿舍养猫，而被校长叫去问话，并要求把猫赶走，不然就搬出宿舍。身为爱猫一族的空太，企图反抗权威，结果被撵出宿舍，流落到恶名昭彰的“樱花庄”。 隔年春天，随着世界级天才画家椎名真白搬进了樱花庄，神田空太开始过起被这名缺乏常识的少女耍得团团转的日子。