邪恶天才科学家地狱博士企图征服世界，人类因此而陷入灭亡危机，在驾驶魔神Z的兜甲儿以及其他伙伴们的努力下，世界得以恢复和平。十年后，兜甲儿不再是超级机器人的驾驶员，而是成为了一名科学家。某日，他在富士山地底见到了被埋在山底的超巨大遗迹——INFINITY无限魔神，以及同时出现的神秘生命体“莉莎”。而在同一时刻，地狱博士突然神秘地复活了，他还打算利用INFINITY无限魔神所潜藏的无限可能性，完成他征服世界的野心……就在这千钧一发之际，传说中的驾驶员兜甲儿与魔神Z再次挺身而出拯救人类…

幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。 在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。 这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。 某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍， 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情， 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而，这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语，自此开始——。

　在一个风和日丽的日子，草帽海贼团正悠闲地在海上航行。突然，天空中出现一个漂浮的小岛，娜美及时通知各位规避即将到来的龙卷风，她的能力引起了小岛上海贼的注意。这个海贼首领非同寻常，他名叫金狮子史基，在大海贼时代到来前曾和哥鲁德•罗杰拼杀争霸。罗杰被俘后，史基也被投入海底监狱，但他却斩断双脚逃亡，并决心向东海展开复仇。史基意欲拉娜美入伙，双方不可避免发生纷争，经过一波三折，娜美最终落入史基手中。为了救出伙伴，并阻止东海毁灭计划，草帽海贼团将和史上最强大的敌人展开对决……