爱丽丝重回在东京，向安布雷拉公司复仇。后者潜藏在地球的底部，威斯克执行着自以为是的安全技术标准。爱丽丝闯入了禁区，直捣黄龙。而威斯克竟然不惜毁灭城市做困兽斗。最终，当他驾驶着直升机逃离时，却被爱丽丝胁迫，情急之下，他向爱丽丝身上注入了具有对T细胞的免疫病毒，令她丧失了超能力，只能驾机飞翔荒无人烟的阿拉斯加。地球上已经177天没有生命迹象。然而，爱丽丝却意外发现了克莱尔。

年轻英勇的维京勇士小嗝嗝 （杰伊·巴鲁切尔 Jay Baruchel 配音）驯服受伤的龙，更与它成为好友。经过五年时间，博克岛居民的生活彻底渗入龙的气息。博克岛现已是个维京人与龙和平共存的天堂。 然而，成长却意味着责任。为了寻找答案，小嗝嗝与忠诚的没牙仔开始了他们的冒险旅程，但结果却超乎预料。一方面，小嗝嗝发现神秘的驯龙骑士，正是失踪多年的亲母沃尔卡（凯特·布兰切特 Cate Blanchett 配音）；另一方面，嗜权的德雷格（杰曼·翰苏 Djimon Hounsou 配音）与龙猎人埃雷特（基特·哈灵顿 Kit Harington 配音）结盟，威胁到博克岛上人与龙的和平。 为了保护深受大家喜爱的龙，阿丝翠德（亚美莉卡·费雷拉 America Ferrera 配音）、高博（克雷格·费格森 Craig Ferguson 配音），维京伙伴们：鼻涕虫（乔纳·希尔 Jonah Hill 配音）、鱼脚司（克里斯托夫·梅兹-普莱瑟 Christopher Mintz-Plasse 配音）及双胞胎拉芙纳特（克里斯汀·韦格 Kristen Wiig 配音）、特夫纳特（托德·约瑟夫·米勒 T.J. Miller 配音）都出手相助，加上小嗝嗝、身为部族的首领的父亲斯多戈（杰拉德·巴特勒 Gerard Butler 配音）及母亲连手合作。在这期间，小嗝嗝一直追寻的答案就在不知不觉以意想不到的方式出现了……

故事发生在1926年的纽约，彼时，麻鸡们对魔法师的抵制达到了最高峰，由玛丽露（萨曼莎·莫顿 Samantha Morton 饰）所领导的反魔法组织活动频繁。与此同时，街头巷尾之中时时发生的种种灾难意外让魔法世界的存在离暴露仅有一线之隔，整个魔法部陷入了空前紧张的气氛之中。 就在这个节骨眼上，环游世界进行着研究神奇魔法动物之行动的魔法动物学家纽特（埃迪·雷德梅恩 Eddie Redmayne 饰）抵达了纽约，他随身携带的魔法手提箱里，装着几十种他一路营救的魔法动物们，而他的一举一动，均处于隶属于魔法部的前傲罗蒂娜（凯瑟琳·沃特森 Katherine Waterston 饰）的监视之下。一场意外中，麻鸡雅各布（丹·福格勒 Dan Fogler 饰）误拿了纽特的手提箱，并且放出了藏在箱子里的魔法动物，为此，纽特、蒂娜、雅各布和蒂娜的妹妹奎妮（艾莉森·苏朵儿 Alison Sudol 饰）不得不踏上了寻找魔法动物的旅途。

西班牙举行了当时最为高规格的首脑议会，参会的全是当时欧洲的大国：法国、英国、葡萄牙和教皇本人等。 　　尽管这些国家打着和平会议的幌子，但是他们举办并参加会议的真正原因却是绑架西班牙国王，并用“挟天子以令诸侯”的手段，希望能从西班牙的版图上分得一杯羹。为了能确保这个目的的实现，并希望怪侠红鹰不在重要的时候出来捣乱，会议的核心人物桑迪拉纳夫人雇用了血腥的哥萨克人来追杀红鹰。 　　红鹰正面临着哥萨克的追杀，于此同时国王的生命和西班牙的国土都岌岌可危。面对着虎视眈眈的敌人，面对着受伤的亲人，红鹰会做出什么选择？

京岛国的少年小嗝嗝是部落统领伟大的斯托里克的儿子，他非常想像自己的父亲一样亲手屠龙——这些飞龙是岛上维京人放牧羊群的主要天敌——但他每次出现在部落屠龙的战斗中都只给大家徒增烦恼。在一次对抗飞龙的战斗中，希卡普偷偷用射龙器击伤了一只最神秘的“夜之怒龙”，并背着族人放生、豢养，甚至驯服了这只龙，还给它起名“无牙”。希卡普的神秘行径引起了一同训练屠龙技巧的女孩阿斯特丽德的怀疑。阿斯特丽德发现了希卡普的秘密，却同时被身骑“无牙”御风而飞的美妙体验所震撼。格雷决定在屠龙成人礼上向远征归来的斯托里克和族人讲明真相，说服大家放弃屠龙，却偏偏弄巧成拙，害得“无牙”被俘，一场更大的灾难就在眼前。