2015年，涩谷。在从6年前发生的大灾害“涩谷地震”当中复兴的城市所新设的私立高中“碧朋学园”就读的少年宫代拓留，追寻着作为自身设立的新闻部活动一环的、被称作“新时代疯狂的再来”的连续杀人事件……

木幡真琴是15岁的魔女，从横滨来到了日本东北地区的青森，开始进行魔女的修练。她带著黑猫奇多，住进了远房亲戚阿圭的家，也转学到当地的学校，开始在这座小镇里生活。虽然她现在的魔法程度只会坐竹扫帚飞在天上，但是她还是很努力的学习。除了拔曼陀罗草做成草药之外，真琴也开始开拓了一小块田地，打算准备要种植蔬菜。

《恶魔之谜》的故事舞台设定在一个名为“10年黑组”的全住宿制女子高中的班级，这个班级里的12名学生都是由暗杀者构成的，她们全都瞄准了她们的同学一之濑之濑晴的性命。即使她的性命被众多人觊觎，一之濑晴依然发誓一定要活着毕业。另一方面，同样也是准备夺取一之濑晴性命的暗杀者转校生东兔角却在一次次接近对方时，渐渐地被晴所吸引。在同学们对晴展开攻击之时，兔角则以保护者的姿态与她们开始了战斗。

故事设定在一个身怀魔力的人类濒临灭绝的世界，武力的最高境界从使用利剑，转而到使用魔法，继而变成了使用枪械。就读于培训用以取缔残存魔力威胁的“异端审问官”专业机关——“对魔导学园”的男主角草薙哮，是个完全不会使用枪械，只靠一柄刀与敌人交锋的另类。而他率领的第35试验小队又被称为“杂鱼小队”，顾名思义是由一群劣等生拼凑而成的团队。某一天，拥有“魔女猎人”资格的超精英持枪高手凤樱花，竟然加入了这支队伍。在带领队员动身执行回收魔导遗产的任务中，一场学园动作奇幻大作就此开始。

故事的舞台为近未来时期，日本列岛西南方的“碧岛”。这座岛屿被五大财阀之一的“东江”买下，约1/3改造成宏大的娱乐设施“白金牢笼”。许多人受东江的巨额补偿搬向其他地方，残留下的居民仍旧居住在“旧住民区”。 在旧住民区商店“平凡”打工的濑良垣苍叶，和外婆及犬型智能伴侣——莲——一起生活，过着还算平静的日子。 但他从以前开始，就受原因不明的头痛困扰。同时，大批倾慕他声音的人时不时的电话骚扰也让人烦不胜烦。这天，接到订单去送货的苍叶，在路上不知为何被卷入了异空间中，被迫和怪异的东西战斗——