从大陆来港的龙，因身手不凡，被财团首脑李华宇罗政为旗下夜总会睇场。与李合股的日本人死后，其子秀夫欲吞并李之股份，李被逼动用大量资金，购买秀夫手上的股权。李的独生女阿美不满秀夫所为，私下找秀夫麻烦，终引致连场恶斗。

日本恐怖分子赤虎把香港作为亚太区的走私军火的重要基地，他们还使用了高端科技，蓄意挑战特区政府，政府束手无策，继而严重威胁到全港市民的安全。警官陈聪（曾志伟 饰）为了证明自己的能力，到警校挑选了Jack（谢霆锋 饰）、Match（冯德伦 饰）、异型（李灿森 饰）与千年虫（叶佩雯 饰）四名叛逆少年组成一支特警新人类，务求抓拿赤虎。特警在首次行动渗入了黑帮杰少的组织，杰少正是赤虎的接头人。特警渐渐得到杰少的信任，却又被警方视为杰少的同谋，腹背受敌。在众人奋力逃生之时，也发现了赤虎的重大阴谋……

2043年7月1日，犯罪大王将军（卢惠光饰）被捕，一星期后由铁面无私的法官余铁雄（张卫健饰）主审。将军特派其黑社会爪牙健（郑伊健饰）返回50年前寻找铁雄，并将其洗脑使他无法进行审判。政府知情后特派飞龙特警铁面（刘德华饰）、扫帚头（张学友饰）及发达星（任达华饰）返回1993年去保护铁雄。 时大雄为93年一中学长期留班生，常遭同学余忌安（许志安饰）作弄毒打，只有女友采妮（杨采妮饰）对他真心。飞龙三特警混进学校，扫帚头当上老师，铁面做大雄同学，星则任大雄跟班，帮大雄打赢忌安，并向他套取铁雄下落，但大雄却表示校内并无铁雄此人。在这时健亦扮成老师混入学校，另一边大雄母亲要改嫁理查德余……最终飞龙特警能完成任务吗？

故事开始是一次失败的交易，坏家伙Michael Woods 用一架能攻击的遥控赛车来搞破坏，一场大爆炸将除Michael Woods 外的所有人都送上了西天。甄子丹扮演的志良出场很快并且挺有喜剧效果，他穿著象马戏班一样水红和白色间条的吊带裤，志良是个导游，捉住了偷他团员钱包一个小扒手不过自己的钱包却被偷走了， 于是志良就骑着辆自行车去追骑摩托车的小偷并且好好教训了他一番，不过反过来他又被小偷的同党弄了个蹦蹦车军团来追他，这一段看上去很象不太高明的滑稽戏，其它场面又比较野蛮，譬如Michael Woods 把手枪塞到一个家伙嘴里并扣动扳机，动作场景从头至尾在这两种极端之间摆动。Salvitti的疯狗角色每次开打之前总要把外套脱掉，有一处甄子丹以一个不可思议的一字分踢式从Salvitti头顶飞跃而过以躲避他的攻击。 随后全体成员进入森林山洞。最后20分钟基本上全部是无所禁忌和不加停顿的动作场景，因为走私犯跟踪依照地图找寻金水晶的主角们也来到这里。Michael Woods 的新玩具是装载了炸弹的遥控飞机，当他控制飞机袭击主角们的时候这家伙得意无比，很多自动武器开火，然后就是中国功夫，丽莎的保镖(卢惠光)，挨了N刀居然没死，丽莎为了躲开一股爆炸的火焰从山崖上跌了下去摔得啃泥。志良在胡慧中和Joyce的协助下分别对付Michael Woods 和Salvitti，起先这些外国歹徒好象个个有不死体格，折腾得各位英雄们精疲力尽，不过最终这俩坏蛋的死状有够令人毛骨悚然，志良用一条铁链将Michael Woods 的脖子牢牢勒在一棵树上，Joyce给了Michael Woods丹田之下致命一击.头上挨了三棍再加上志良巨大圆木的劈头杀着，Salvitti也恶贯满盈，罪有应得地被送上西天。

　　制片方此前为这部年度动作大片准备了多个名字，但直到发布会前不久才最终确定片名为《特殊身份》，对此片方表示，是因为这个名字最符合影片的神秘气质。为了能够呈现出最佳的视听效果，《特殊身份》邀请到了曾拍摄过多部经典动作戏的香港知名导演霍耀良、奥斯卡金像奖摄影指导鲍德熹、素有“车神”之称的著名飞车指导罗礼贤参与该片制作。