小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开始。小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险……另一方面，在超级机关城市阿佐特王国，大臣贾维斯得到了常年追求的终极发明——500 年前诞生于阿佐特王国的人造宝可梦玛机雅娜。据说在玛机雅娜体内，有被称为“魂心”的未知力量，贪婪又邪恶的贾维斯企图利用这股力量来统治王国。小智和波尔凯尼恩将会如何化解彼此的嫌隙？波尔凯尼恩与玛机雅娜又有着怎样的渊源？他们要如何共同对抗贾维斯拯救阿佐特王国？玛机雅娜的最终命运又将如何结局？一场精灵宝可梦史上最伟大的战役即将展开！

在幕后BOSS的控制下，一支邪恶的夺宝军团屡屡穿梭平行时空，来到动画世界，盗取宝物，让诸多动画世界无以为继，瞬间分崩离析……为了传说中神秘部落的宝物，这一次，夺宝军团悄然潜入《熊出没》。意识到危机来临的熊大、熊二、光头强决定团结一心，与之抗衡。未料，夺宝军团诡计多端，手段高明，在森林众人眼看将被全线击溃之时，一个意外来到地球的机器人出现，向森林动物们施以援手，大家暂时脱险。交锋愈加激烈，幕后BOSS带着大量设备进入动画世界，让夺宝军团势力空前强大。而森林动物们与机器伙伴也偶遇神秘部落少女，在相互了解之中更彼此支撑……夺宝军团发起全面进攻，森林众人节节败退，正当千钧一发、希望渺茫之际，少女念动咒语，牵出一系列壮阔又离奇事件，神秘宝物更呼之欲出……

现在的时间是2001年，为了寻找黑石的根源，人类开展一项木星登陆计划。飞船上有冬眠的三名宇航员，大卫船长、富兰克飞行员，还有一部叫“HAL9000”的高智能电脑。HAL在宇宙飞行过程中发生错乱，令到富兰克和三名冬眠人员相继丧命，剩下波曼和这台电脑作战。从死亡线上回来的大卫一气之下关掉主脑系统，HAL彻底失效。现在，茫茫宇宙中只剩大卫一人，向木星进发。穿越瑰异壮观的星门，大卫仿佛去到一个奇特的时空，那里有人类无尽的生死轮回和宇宙的终极知识……

白骨姬将众人带到莲刹曾经研究异丹的基地周围，但江流儿却发现每一次醒来都回到了出发前一切重新开始，江流儿一遍遍尝试终于来到了基地，却发现一切都是迦楼罗的阴谋。三人在江流儿面前一次次死去，为了阻止这一切，江流儿答应跟迦楼罗走。迦楼罗举行仪式要取出盘古之心却触发了盘古之心的力量将江流儿一次次回溯时空。江流儿向所有人一一告别，并在金山寺与师傅并肩作战击败了迦楼罗，却发现阻止不了师傅的死亡，迦楼罗的哥哥出现表示愿意告诉众人......

众人回到荒芜之地发现自己的部族在屠戮常人，众人快马加鞭却错过部族屠戮常人的部队，三人回忆童年却又对常人的看法出现了分歧。第二天部队返回，三火质问首领为何屠杀常人，并举行仪式要成为部族首领。最后仪式被打断，部族分裂成了两部分。三火众人收到了白骨姬愿意帮助众人的消息。众人带着白骨姬路过车迟国，却发现这里异人为王，刚刚高兴却发现常人备受压迫，与国王理论之时却发现一切都是异人将军所做，众人打败将军继续前行。