都城连续发生职业杀手遭人戕害的命案,包拯(金超群饰演)追查得知乃是杀手之间为了劫掠赏金所构成,而追杀的目的是刑部正在审理重案中的证人齐英.齐英因颇具姿色被江南路都指挥使郑宁奸污,家属与地方父老不甘受辱联名上告刑部,朝廷立即将郑宁免职候审并派刑部巡捕罗北爱护齐英入京作证.郑宁百般狡辩试图脱罪,郑宁的胞姐,后宫郑太妃闻讯急赴开封府衙阻止包拯行刑.双方僵持之际诏书下达,仁宗(王皓饰演)为了维护国法下诏依法惩罚,将郑宁伏法于虎头铡下.包拯亲赴端州查探黎民苦楚,得知广南东路安抚使周卫指使端州知州徐淳设法取得血砚,未料周卫竟派遣官兵勾搭山贼将砚山村围住,不惜屠村并将开封府众人一并戕害.展昭(何家劲饰演)欲保包拯逃遇险境,但包拯不忍置全村村民于不顾而严辞拒绝,集开封府众人之力与村民分进合击,招架贼人,终获告捷,并将周卫依法入罪.

蔡河溃堤成灾，仁宗责令包公查水灾成因。都水监杜平向包拯禀明水患皆因王公大臣于蔡河两岸私建楼台，导致河道受阻所致。公孙策另发现溃堤乃偷工减料所致，而罪魁祸首竟是杜平的舅父罗琼。罗琼害怕，请杜平之父杜斌出面，并将珍珠衫献给庞贵妃。但珍珠衫却让包拯查明了溃堤的主因及一段昔日悬案。武科状元海铭仪表堂堂，但展昭看出海铭枪法隐有契丹武士的特征，并据此查出海铭乃契丹奸细。日本天皇将暗香公主送来与大宋和亲，被仁宗封为和妃。庞妃常与和妃往来。仁宗被和妃迷住。和妃突然流产，庞妃被疑为凶手。包拯却查出日本藤原家族意欲篡夺大宋江山的企图。八王爷之子赵祥怨父王当年没用自己替代仁宗，不然早已握有天下。妒极生恨的他设计陷害包拯等人，八王爷大义灭亲。

1910年，东北地区鼠疫大流行。几个月内，毙命数万，且有蔓延之势。重灾区哈尔滨市傅家甸（现道外区）每天死人逾百。如果任由其发展下去，哈尔滨将毁灭，东北将遭受灭顶之灾。疫情“如水泻地，似火燎原”。首位华裔剑桥大学医学博士伍连德临危受命，出任大清总医官，赶赴哈尔滨全面主持东北三省的防疫工作。经过调查研究、尸体解剖确定疫病的原因，并通过一系列的努力成功阻止疫情的扩散，在人类历史上第一次战胜了鼠疫病魔。同时，彻底粉碎了日俄两大列强欲借瘟疫侵占东北领土的图谋。“鼠疫相当于中世纪欧洲的‘黑死病’，如果没有科学的防疫措施，任由疫情发展，中国将变成第二个中世纪的欧洲。”该剧导演邓迎海介绍，东北大鼠疫不仅造成了当时人民的大量死亡，而且还带来了生存压力及经济生活的全面恐慌。导演邓迎海说，这部灾难历史剧，呈现了102年前哈尔滨经历的这场巨大的灾难，是伍连德先生，冒着生命危险，来到了哈尔滨，用三个月的时间，打败了鼠疫，挽救了这座城市，挽救了这座城市的人民，我们应该记住他，他是我们心目中的英雄。

1945年，为彻底击溃妄图扭转战局的日军，中共中央南方局派王文渊前往湘西战场。王文渊潜入日军核心机要部门盗取了日军作战计划情报，同时还发现了日军试图暗杀中国守军高级将领的“蝙蝠计划”。为阻止日军阴谋，王文渊只身进入重庆，与日本特工波田久雄展开生死对决，为赢得抗战胜利立下战功。抗战胜利后，国民党悍然挑起内战，却遭遇覆灭的下场。国民党军官宋永峥奉命留在贵州，寻机对贵州展开一系列破坏行动。王文渊针锋相对，粉碎了宋永峥的阴谋。宋永峥不甘失败，纠集一伙山匪四处破坏，伺机反攻。为彻底消灭匪帮，赢得全国的解放，王文渊率部进山剿匪，与宋永峥展开了一场殊死搏斗。

警校毕业的优秀生何睦，以卧底的身份潜藏在犯罪团伙里，在一次案件中将走私枪支的重犯“老枪”救出，并找到藏匿枪支的地点，却不成想被前来买枪绰号“海子”的曾涛认出，随后被“老枪”等罪犯劫持，最后被老刑警袁大志救出。两个性格迥异的人成了搭档，在办理一个个曲折离奇。惊心动魄的案件过程中，两个人由于性格对待问题产生的摩擦和矛盾到最后默契配合，一起侦破一个又一个的大小案件，并发现了之前案件一些隐藏点，居然和黑帮老大有着莫大的牵连，最后，袁大志被警队开除加入黑帮只为铲除这幕后那条大鱼。一部以刑侦小组办案为主线，穿插小组中年龄、性格、背景、专长各有不同组员间的喜趣、矛盾和协作，侦破一个又一个的大小案件的连续剧。