唐大中十三年，民间涌现不少反昏君反腐官的组织，其中以打着“杀富济贫推翻朝廷”旗号的飞刀门的势力最大。飞刀门总部设在靠近都城长安的奉天县境内，为保长安安全，朝廷下令奉天县府将飞刀门成员悉数剿灭。 奉天县两大捕头刘捕头（刘德华）与金捕头（金城武）收到限期缉拿飞刀门新任帮主归案的命令。因怀疑牡丹坊的舞妓小妹（章子怡）是飞刀门前帮主的女儿，刘捕头设计将她拿下押入天牢，后又与金捕头再度设下圈套令金捕头化身义士将她救出，想骗取她的信任查出飞刀门的巢穴，但他不知的是，除了在公务上与金捕头和小妹打交道外，私情上也会与他们有番纠缠。

中国香港留学生Ben（刘德华饰）与好友兼同学张直（庹宗华饰）、明仔在日本无心向学，却满怀斗志闯荡东瀛，只为能够出人头地。张直寻找青梅竹马的爱人不获，明仔搭上酒吧陪酒的老板娘，一心想成为山口组老大石川的妹夫。 Ben在此时偶遇出来陪酒赚外快的中国大陆女留学生铁男（钟楚红饰），二人结缘。 铁男与好友美美寄人篱下地住在地痞担保人的手下，受尽凌辱，终有一日铁男忍受不住，独自出走......

上海企业家薄定国的女儿薄冰随父到港,寻找十几年前在港失踪的母亲.

2043年7月1日，犯罪大王将军（卢惠光饰）被捕，一星期后由铁面无私的法官余铁雄（张卫健饰）主审。将军特派其黑社会爪牙健（郑伊健饰）返回50年前寻找铁雄，并将其洗脑使他无法进行审判。政府知情后特派飞龙特警铁面（刘德华饰）、扫帚头（张学友饰）及发达星（任达华饰）返回1993年去保护铁雄。 时大雄为93年一中学长期留班生，常遭同学余忌安（许志安饰）作弄毒打，只有女友采妮（杨采妮饰）对他真心。飞龙三特警混进学校，扫帚头当上老师，铁面做大雄同学，星则任大雄跟班，帮大雄打赢忌安，并向他套取铁雄下落，但大雄却表示校内并无铁雄此人。在这时健亦扮成老师混入学校，另一边大雄母亲要改嫁理查德余……最终飞龙特警能完成任务吗？

大隻佬（刘德华 饰）在跳艳舞时与前来扫黄的警花李凤仪（张柏芝 饰）相遇，同时，重案组亦在附近调查一起印度人杀人案。大隻佬逃跑时与逃走的印度逃犯不期而遇，最后逃犯逃走了，大隻佬被当成了嫌犯抓回了警局。其实大隻佬以前是大陆一名武僧，因好友小翠惨死，悲伤过度在树下不慎打死小鸟，对着小鸟坐禅7天7夜因而获得能看到因果的能力——看到结果时，便能看到因由。他看到了小翠的死是因果，他打死小鸟是因果，因无法平静接受这一切，他还俗了。 这次，他看到了李凤仪，看到了日军在杀人，便知她罪业太重，会遭遇横祸。为了帮助这位心地善良的警花，他开始暗中帮助她，帮她屡破奇案，救她于危难，希望能帮她洗刷罪业……