高中1年级学生浅草绿（斋藤飞鸟 饰），是强调“设定即生命”的动画迷。在素描本上描绘积累各种各样的想法，却因不能一个人行动做事而无法迈出走向动画制作的一步。对于浅草这种才能，拥有制片人气质的金森沙耶加（梅泽美波 饰）很快注意到了。同时，了解到同学兼新星读者模特的水崎燕（山下美月 饰），其实上希望成为动画家，3人为了展现脑内“最强的世界”而设立了映像研。

小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开始。小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险…

2020年，被选召的孩子们都长大成人。伴随着未知数码兽的出现，平静的生活被打破，世界即将再次掀起异变。在所有人的命运即将改变之时，八神太一等人再次集结。然而，伴随着战斗的拉响，他们面临与数码宝贝的分别。自1991年夏天开始的漫长冒险，即将迎来终结之时。这是八神太一和数码宝贝们故事的最终篇章，这是他们最后的冒险。

夏天、阳光，沙滩、海浪，青年消防员雏罂粟港和爱好冲浪的向水日菜子相遇并迅速展开热恋。看似命中注定的这对恋人，却不幸遭遇生死别离。无法接受港已经离世的雏子，某天突然发现，只要唱起属于两个人的那首歌，港就会从水中出现……

当小智知道合众地区亦有神奇宝贝联盟后，便马上报名和踏上新的旅程，途中更遇上艾莉丝、牙牙与天桐，新的冒险就这样开始了。而冒险随之而来的是脱胎换骨的火箭队，另外在寻找新的神奇宝贝以及新的邂逅的道路上，有更多的考验在等着他们。