- 幼年遭遇飞机事故,因而在阿富汗长大的男主角相良宗介中士是神秘的国际组织秘银特殊部队成员,专门在世界各地即将发生战争或武装冲突的地区执行组织下达的秘密任务,对抗恐怖份子,缓救人质,化解各式各样危机。而宗介最新的任务要尽快前往日本,任务内容为伪装成高中生潜入都立阵代高校,去保护一位16岁的女高中生千鸟要。这位少女似乎和普通的女高中生没有什么两样,但不知什么原因却成为各国间谍秘密争夺的目标。为了保护千鸟,宗介驾驶着80年代末才在战场中出现的新式兵器--强袭机兵“Arm Slave”与其他神秘组织对峙。
- 位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人,其中约8成是学生的这座都市中,实施着超能力开发的特殊课程,学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。高中生上条当麻,也是住在学园都市的学生之一。他由于寄宿在右手中的力量——只要是异能之力,就连神的加护都能消除的“幻想杀手(Imagine Breaker)”,而得到吊车尾的“无能力”的评价,过着充满不幸的人生。而上条的学生生活,由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的少女——“禁书目录(茵蒂克丝)”相遇开始,上条就被卷入了各种各样的事件当中。在惊险地解决了统率学园都市的“科学”侧和与茵蒂克丝关联的“魔法”侧双方的事件过程中,他的人际关系也逐步扩展。随后,魔法侧的十字教最大宗派罗马正教,终于注意到了上条的存在……。科学与魔法第三次交织之时,故事将大幅推进!!