位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于寄宿在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手（Imagine Breaker）”，而得到吊车尾的“无能力”的评价，过着充满不幸的人生。而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的少女——“禁书目录（茵蒂克丝）”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件当中。在惊险地解决了统率学园都市的“科学”侧和与茵蒂克丝关联的“魔法”侧双方的事件过程中，他的人际关系也逐步扩展。随后，魔法侧的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到了上条的存在……。科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！

因为父母双亡而艰难寄居在亲戚家的稻叶夕士，升入高中后决心独自生活。稻叶夕士找到了价格非常便宜的公寓“寿庄”。但是，那里是聚集了妖怪・幽灵・人类的“妖怪公寓”──!!稻叶夕士并不习惯去面对有着令人恐惧的身姿的妖怪们以及富有个性的怪人们，但是在与他们奇妙的共同生活中，稻叶夕士逐渐敞开了紧闭的心扉…

公元2016年——。在釜谷市的天万神社做着巫女工作的初中2年生，皇缠。自幼与母亲分别的她，长年被寄养在祖父母的家中，从三个月前开始终于和父亲伸吾一起生活。也许是因为有过这种境遇的缘故，缠向往着平凡而安稳的日常。缠的好友、同时也是工作伙伴的草薙由麻，是出生于天万神社神主一族的次期巫女候补。她知道一族先祖代代都在进行驱除恶灵的“退魔行”，并邀请缠前去挑战“退魔行”的仪式“神悬之仪”。放学后，一如往常前往神社的两人，却在被毁坏的神社境内遇到了受伤倒地的由麻父母。不止如此，身为刑警的伸吾正在搜查中的诡异事件的重要参考人，似乎神智不正常的男人也在那里。为了压制狂暴的男人，由麻立即执行了“神悬之仪”，但发生异变的却并不是由麻——。追求平凡普通生活的少女所得到的，是被神明附身的驱除恶灵的能力！？皇缠，为了取回无人妨碍的平稳日常，努力地展开退魔活动！

故事讲述243年前,刚从青铜圣斗士上升为黄金圣斗士的年轻的童虎和史昂二人,得知冥王今世选中的肉体所在的地方,于是决定私自行动.

　　故事以18世纪的欧洲为舞台，在当时的意大利某小镇上，有着日本血统的孤儿天马和喜爱绘画的亚伦是一对挚友。某日亚伦受到大圣堂的神父 ( 睡神修普诺思) 的指引，去到一处被称为“地面上的极乐净土[1]”的地方寻找“真实之红”。在那里亚伦遇到了一个叫“潘多拉”的神秘少女，自此亚伦的身体开始发生了变化。 另一方面，受到天秤座的黄金圣斗士童虎的引荐，天马决定前往希腊圣域接受圣斗士的训练。在圣域，天马遇到了儿时的玩伴，同时也是亚伦的妹妹萨莎。几年前被人收养的萨莎，原来竟然是女神雅典娜的转世。 2年之后，天马终于成为天马星座的圣斗士。另一方面，受到潘多拉引导的亚伦，体内的冥王哈迪斯的灵魂觉醒，并向圣域发动全面进攻……