被称作奥特黑暗杀手的黑暗魔人，具有创造奥特战士的黑暗战士的能力。赛罗奥特曼和格丽乔奥特曼落入了黑暗杀手之手！为了应对这场危机，泰罗奥特曼召集了“新世代英雄”，银河奥特曼、维克特利奥特曼、艾克斯奥特曼、欧布奥特曼、捷德奥特曼、罗索奥特曼、布鲁奥特曼，以及银河救援部队的利布特奥特曼作为辅助。“新世代英雄”与“黑暗军团”之间的战斗即将开始。

主人公园丁打算坐飞机去动漫乐园游玩，不料还未登机时却误入到了朵雅大陆。这个大陆是多元宇宙论中无限个宇宙集合中的其中一个。园丁见识到了美丽的朔月学院，地龙拉着的马车，天空中学员使用魔法决斗，对于游戏老玩家的园丁来说很快地适应和认知到了自己已经来到朵雅大陆的局面。

年仅七岁却超速生长的短命神童时江，为恢复正常生活，带着寄宿体内的某位大神仙闯入仙界，从此在异世中和神仙们斗智斗勇，走上成为仙界大亨的传奇之路！

猪迪克带着自己的精灵宠物豆包在海上冒险，因为一场海难，猪迪克与豆包走散。为了寻回豆包，猪迪克不得不独自面对困难。他漂泊在海上意外遇到了出海寻找海魂心的女孩--浅蓝族长，之后他们一起经历了遗忘岛上的奇幻冒险、寻回了走失的浅蓝弟弟--尾牙，猪迪克最终也找到了精灵伙伴豆包，获得成长。

因为善良之神与邪恶之神转世、更迭，神界内部矛盾逐渐升级，以毁灭之神为首的一众神祇向以海神、修罗神为首的另一众掌权神祇发起了战争。而就在这个时候，同时掌控海神、修罗神两大神诋之位的神界执法者唐三的妻子小舞却怀孕了。神界的危机由此升起，唐三预感，除了神界内部矛盾之外，还有巨大危机即将到来，这危机又是什么呢？神界传说，是拙作斗罗大陆II绝世唐门之后，一部承上启下的神界故事，在这里，大家会看到很多熟悉的身影。