美丽的羌族母亲尔玛娜泽，生下长女尔玛阿依，后不幸在集市上被人抱走，父亲尔玛多吉决定走出大山寻找 大女儿的踪迹。之后他们又生下了小女儿尔玛依娜。 十年后，全国公安机关打掉了一个拐卖人口的犯罪组织，尔玛阿依也因此重新回到尔玛娜泽的怀抱。但此时 尔玛阿依幼小的心灵里满是沧桑与仇恨，她无法跟同龄的孩子们正常相处；时常闹出事端。尔玛阿依在一场大雨 中突然晕倒，高烧不退，随后医院检查出她已经进入血癌中期，如果不能及时找到匹配的骨髓，她不久将离开人 世。 为了挽救女儿的生命，尔玛娜泽用自己的骨髓跟女儿配对，并在乡亲们的捐赠下凑齐了医药费，为了还上乡 亲们的钱，尔玛娜泽日夜刺羌秀赚钱，丈夫尔玛多吉也是四处外出打工，但不幸没有结束，一次小女儿为了摘野 果不幸摔下悬崖，尔玛娜泽在身体极度虚弱的情况下，再一次给小女儿输血救治，最终因过度虚弱离开人世。丈夫尔玛多吉在妻子临终遗言的嘱托下，决定带着两个女儿坚强的生活下去。

明宪宗年间，宦官弄权，滥杀贤臣。侠客赵怀安（李连杰 饰）在营救忠良行动中，将恶贯满盈的东厂督主万喻楼（刘家辉 饰）一剑毙命，引来西厂督主雨化田（陈坤 饰），祭出天下格杀令。赵怀安等人一路亡命到嘉峪关的龙门，消失于铺天盖地的黑沙暴中。尘消风散后，西厂密探、番邦公主（桂纶镁 饰） 的鞑靼商队等江湖各路人马，再度投宿于龙门客栈这家大漠黑店。三年前曾毁于大火的龙门客栈里，当年风骚的老板娘早已神秘失踪，只剩下逃过火劫的伙计们重起炉灶，痴等老板娘回来。几乎被世人遗忘的边关客栈，再次因缘际会地风起云涌；神密驻客风里刀（陈坤 饰）的容貌，为何与雨化田如此相似？对客栈密道了如指掌的吹笛女子凌雁秋（周迅 饰），又是何许人也？就在由雨化田亲率的西厂追兵赶来之际，地平线突刮起数条龙卷奇风，赵怀安横空飞出，欲与雨化田一决生死。大漠风烟间，一场天地变色的正邪之战，即将展开。