该剧名为《满清十三皇朝》指的是努尔哈赤建立的后金国与之后清朝的共十二位皇帝（包含十一代，同治帝和光绪帝为堂兄弟）。不过因为该剧认为皇太极（清太宗）建立了天聪与崇德两个朝代（应该为年号），故将拥有十二个皇帝的清朝，称为“满清十三朝”。本剧集中讲述了努尔哈赤、皇太极、顺治以及康熙年间的故事。

张念武身负血海深仇，心地善良的他在好友玉龙的劝说下决定以德报怨，如今身为武林盟主的念武喜欢温柔娴熟但身中怪病的翠风，然而落花有意流水无情，两人能否喜结连理……天理教屠杀正派人士，念武和玉龙决定不再姑息养奸，心慈手软，为正派人士主持正义，一时间江湖上刀光剑影，侠骨柔情……