本片根据松本零士的经典科幻漫画改编。或许过去，又或许未来，人类大规模向宇宙殖民。当人口膨胀到五千亿的时候，散落在宇宙各个角落的人类返回故土地球，却引发了伤亡惨重的归乡战争。为了保护地球这片圣地，人类制定了盖亚制裁，约定不许任何人染指这里。可是曾经作为联合舰队舰长的哈洛克却背叛盖亚制裁，驾驶着他的阿尔卡迪亚号高举叛旗，成为逃逸一百年之久的通缉犯。联合舰队长官伊索拉指使自己的弟弟亚马混入阿尔卡迪亚号，探寻尼伯龙根人发明的永动机的秘密。在此期间，哈洛克率领船员向地球挺近，而联合舰队则在太阳系布下天罗地网阻挡他的步伐。遥远的故土，失落已久的真相，令所有人为之震惊。

是以TV版提取出的剧场版，其中第一集《鲁邦三世的婚姻》，女富翁丽贝卡·罗塞里尼是第四季的主要角色，而MI-6的尼克斯则为首次出现。以及第三集中「生存率0.2％」提取出情节给未看过电视剧的观众，并添加原创新故事：一个自称是伯爵的面具原创角色，和鲁邦三世的“卡格里斯托伯爵的遗产”的心理争夺战。

国际刑警的钱形幸一警部收到了鲁邦三世从圣马力诺共和国发来的婚礼邀请函，不过结婚对象不是峰不二子，而是一位叫丽贝卡·罗塞里尼的圣马力诺女财阀，身兼时尚模特、女演员等多个职务，她还以「八卦女王」的身份与许多名人有过艳闻。身世背景和不二子一样是个谜……

故事从鲁邦三世与次元大介在一间法国乡村小镇公寓里的房间开始。网络上存在一个黑暗的网站「马可波罗」，在那里你可以买到任何非法的东西，如毒品和枪支。为了窃取数位货币，鲁邦入侵了一个严密的服务器设施，并且遇到一位天才黑客少女艾咪。接着鲁邦在「马可波罗」上被悬赏高额的奖金，而鲁邦跟艾咪要共同面对来自各方的杀手......

满月之夜的钻石偷盗事件，犯人摆脱了警察的包围网华丽地逃走了，江户川柯南在独自追捕逃犯时遭遇了石川五右卫门的袭击，柯南方才明白这次的对手将是鲁邦三世。鲁邦之后将目标转向“幻之秘宝”樱桃蓝宝石。收到鲁邦预告函的目暮警部等人，迎来了鲁邦三世潜入搜查官钱形幸一警部，他们开始合力抓捕鲁邦三世。鲁邦则在宝石顺利得手后，听从峰不二子的要求，将宝石交给了神秘男子阿朗·斯密斯。他的目的到底是什么？与此同时，来到日本的还有超人气海外偶像——艾米里翁·瓦力迪。但他却收到了死亡恐吓信，要求终止艾米里翁在日本的演唱会，否则就会丧命。因此艾米里翁和其经纪人克劳迪娅·贝尔琪求助于毛利小五郎。对超人气偶像的恐吓，幻之秘宝的盗窃事件，柯南认为这两个事件都与鲁邦三世有关。走投无路的危机在逼近柯南等人。该信任谁，又该怀疑谁？逼近身边的神秘巨大组织，鲁邦真正的目标又是什么？而柯南又能阻止这个计划吗？