战舰上尘封在初号机里14年的真嗣终于苏醒过来，与美里、律子、明日香还有东治的妹妹再会。众人口中，真嗣得知自己已沉睡14年，但他发现明日香却一点也没有变化。与此同时，战舰受到EVA的袭击，陆地上，明日香找到真嗣的控制舱，舱内的真嗣再度进入自闭状态，明日香只好拽着真嗣走。此时丽也出现，于是三人一起走向远方。

《福音战士新剧场版:破》描述的是在近未来，14岁的少年碇真嗣驾驶泛用人形决战兵器EVA与神秘的入侵者使徒作战的故事。作为新世纪福音战士新剧场版的第二集，本片延续了前作《福音战士新剧场版:序》的剧情。但与第一集不同，《破》的剧情与95年TV版剧情相比有较大变化。眼镜娘的神秘出场，傲娇女的华丽来袭，三人性格的微妙变化，都已成为曾关注1995年TV版作品的EVA爱好者们的大热话题。本剧场版又名:EVANGELION:2.0 YOU CAN (NOT) ADVANCE.新神棍计划2.0，请别错过。