故事讲述10岁的木之本樱（昵称小樱）打开了她父亲所藏的魔法书，意外把有魔法力量的“库洛牌”释放。由于她把牌弄失了，要负责寻回，于是看守库洛牌守护兽可鲁贝洛斯，便给予小樱封印之杖（封印之杖的封印除解除前像一把钥匙，小樱便把它当作项链戴在颈上），任命她为“库洛魔法使”，陪同并帮助小樱寻找回库洛牌。随后的故事，围绕着小樱寻找和收服库洛牌的经历而发展。在库洛牌收服完后，通过了身为审判者的月之考验，成为库洛牌的新主人。一天，一位神秘的转校生柊泽艾里欧出现，他引发许多不可思议的事件，促使小樱将库洛牌转换为樱之卡，也避免了库洛牌魔力消失的危机。 除了透过寻找、使用魔法牌的经历，开启了一个幻想世界外，故事也描划角色间对身边人的爱。由友爱、家人的爱至恋爱等皆包含其中，“没有想伤害别人的人”之世界则是故事的基本舞台。这本著作和CLAMP其他著作最大的不同点在于“没有流血的画面”（除了漫画版中小狼对上“击”时有些微的流血画面以外）。

住在不知天空为何物的村庄“基哈”的少年“西蒙”在开垦村庄时，偶然挖掘到一块闪耀着神秘光芒的晶体。在那之后，巨大的机器人从天井中冲入，对村庄进行大肆地破坏，西蒙与大哥卡米那以及从地面来的少女优子一起，与巨大的机器人展开了殊死的战斗。

直至关东大会决赛为止，青学终于实现了他的梦想，他决定参加全国大会。大石摆脱病痛的折磨在决赛的第二场复出，他能打败自己命运中的宿敌吗？

关东大会比赛结束后，获得2胜1败1场平局的青学又进行了第二次比赛，但迹部不可能答应这样。在极限状态下继续战斗的两人，很清楚这是一场时刻被关注的比赛……

以袭击情报屋的凶刃为余波，新的骚动产生了下去。从“Dollars”和“蓝色平方”得到力量的两名少年，怀抱着理想在肃清的道路上前进着。抢救好友的挣扎者，逼近偶像的狂气分子，在街道背面暗中展开活动的新势力——。众多的事件与意图相互缠绕，故事进一步向混沌加速——！