故事一开始是一处正在施工的工地，地点正是区公所建设预定地。而正在施工的挖土机突然挖到一块极为坚硬的岩石，而姓四加的司机就下来查看他正在挖的岩石，接著从中捡到一块他没见过的遗迹板子。因为工程进度的关系，所以工头决定以碎岩机打碎的方式来继续施工，就在这时分割成左右两个相似的画面，左边的是四加将拿下来被他称为遗迹的那一块书本大小的板子给收到自己的口袋里，而右边的则是直接将它给丢进了砂石车里，然後继续刚刚中断的工作。 二十二年後… 男主角名为四加一树，刚从电脑的键盘上睡醒，看了一下萤幕上的电子时钟，哇，已经是七点二十六分，上课快要迟到了，简单地吃过几口母亲做的早餐後便向学校出发了 （注1）。就在一树快到学校的途中，女同学发现了一树这位有名的人物。有样东西很快地从他身旁飞过，回头一看接著就在他身後发生爆炸，下意识地用手护住头部，再回过头看见前方的巨型机器人哈鲁奇南正在与另一架机器人战斗。

科学家伦多博士为了调查住在冰原的神奇宝贝而来到这里，他的儿子小超却意外被卷入坠落时产生的暴风。在那之后经过了四年。有一天小智和皮卡丘们来到了高科技城市拉鲁斯市，小智巧遇一名少年小超，小超因为四年前的事，让他无法和神奇宝贝相处。小智和皮卡丘在知道这样的情形后积极帮小智克服这个问题，这时候突然出现了神秘神奇宝贝代欧奇希斯，以高科技城市为舞台，神奇宝贝史上最大的冒险将要展开。