有一颗陨石落到涩谷后，从陨石中出现了不明宇宙生物异虫，它们变成人类的样子生活在城市中，不断杀害人类。为了消灭这些异虫，人类成立了一个秘密组织杰特，该组织开发出了假面骑士系统。某一天，杰特的实习队员加贺美新，遇到了一名古怪的男子天道总司，他称自己是“行天之道，总司一切的男人”。就在加贺美新以为自己能得到甲斗王变身器的认可时，变身器却飞向了天道总司，利用甲斗王变身器和腰带成功变身成假面骑士甲斗王的天道总司，他能否凭借自己的力量守护世界呢？而这一切的背后所隐藏的秘密又是什么呢？

神代勇是個平凡的高中生，他在家庭和學校都找不到自我歸屬，不知道自己到底是為了什麼而活。為了尋找自己的歸屬(Holly Land)，勇走進了夜晚的下北澤，卻被當地的不良少年冠上「混混杀手」的封號，成為全面追殺的頭號目標。為了向其他人證明自己的存在，勇不得不選擇了暴力，然而使用暴力之後的罪惡感卻讓他內心十分矛盾，不知道這麼做到底對不對。經過一番掙扎之後，勇決定繼續前進，在夜晚的街頭打造一塊屬於自己的聖地；然而當地的不良少年並未就此罷休，他們又派出了空手道高手綠川章吾與勇單挑。被迫應戰的勇卻在這場單挑當中獲得十分寶貴的經驗，讓自己的格鬥生涯又往前邁進了一大步。