该剧主要讲述了生活在井底的金池族精灵们长期受霸王的欺压，金池族王子皓天不甘心做霸王的奴隶，于是决定带领精灵们对霸王进行反抗，霸王为阻止皓天的行动将其抓捕。此时魔法学院的魔法少年们接到小精灵的报告有一个精灵掉到井底之后失踪，魔法少年快速前往救援。魔法少年跳入井底寻找失踪的精灵，发现了被霸王统治的黑暗世界。魔法少年们先打败了替霸王守护井口的黑白双煞救出了皓天等人，在皓天向魔法少年们阐述了金池族的悲惨经历后魔法少年们决定帮皓天一起对抗霸王，在魔法少年和金池族精灵们共同的努力下最终将霸王打败。金池族恢复了自由和平，而勇敢有担当的皓天则被魔法学院录取成了一名优秀的魔法少年。

魔法学院中海螺长老正在给魔法少年们传授海洋知识，幻化成黑雾的海蛇女王突然侵袭魔法学院，不但抓走了海螺长老，还用利用海螺长老的法器海螺吸干了海水。教官意识到海底世界的危险命令魔法少年前往海底世界救援，魔法少年们来到海底世界后很快发现了异样，并将目标锁定住了海蛇女王，原来海蛇女王是海底垃圾辐射后的变异体，野心勃勃的海蛇女王联合电鳗法师、虾兵蟹将在海底世界胡作非为，并利用“海晶”控制缺水的海底精灵们，企图统治海底世界。魔法少年们分析出事件的真相后与海螺长老、海公主、小涂涂等海底精灵齐心协力，不畏艰险，最终战胜了海蛇女王，夺回了海螺，恢复了海底世界的自由和快乐，经过这次的战役之后魔法少年们也更加深刻的明白了不乱扔垃圾，保护环境的重要性。