上世纪二十年代，陕西西南的青木川贫穷落后。马帮之子何辅堂为报父仇，卧薪尝胆终于杀了刘庆福，了却家仇。原民团团长魏正先与何辅堂为敌。何辅堂审时度势，假意投奔了巨匪王三春。在多方势力倾轧中，何辅堂 独善其身，并阴差阳错地救了魏正先的妻子程立雪，程立雪有感青木川的秀美与落后，决心留在青木川教书，开启民智。然“夺妻之恨”更令魏正先恼羞成怒，他借“剿匪”为名，挑拨正在汉中驻扎的国民党军犯境青木川，何辅堂趁机将巨匪王三春献于民国政府，免除兵燹之灾。魏正先决意孤注一掷，欲将青木川夷为平地。关键时刻，何辅堂毅然投奔解放军，迎来了青木川的和平解放。在何辅堂的努力下，青木川得以在万马齐喑风雨如晦的年代免受战乱之苦。

1948年，解放军发动了辽沈战役，个别城市先行解放。郴城就是其中之一。但是国民党潜伏特务、散兵游勇、惯盗悍匪等多重阴霾使郴城陷入了不战而乱的困境，混乱和萧条充斥这个大城市的角落。原地下党员秦天亮为了使群众在新政权下重拾生机，迎接挑战，接任了郴城军管会主任。秦天亮带领侦查处处长技连才、保卫处处长孙大虎以及国外留学回国的侦查顾问耶律麒开展了一场脱胎换骨的改造工作。耶律麒对新政权一直抱着怀疑态度，虽是私家侦探专家，却一直本着一天和尚撞一天钟的态度与军管会各级干部始终保持距离。但他在这些共产党人新同行的感召下，在榜样的影响下终于变成了一名坚强的战士，发挥自己的推理特长，抽丝剥茧层层深入，在领导的运筹和同事的帮助下，最终粉碎了潜伏特务企图暗杀中央领导人的阴谋。

故事发生在南方市，当地的公安局打黑重案组遭遇到一桩棘手案件。在破案过程中，重案组受到各种各样的阻挠，案件侦破几度中断。但公安局长和乾警们不为困难所阻，不顾自己和家人所遭受的苦痛，坚持调查最终查清案情，一举打掉了南方市的黑恶组织。

《奇妙世纪》由几个迥然不同的小故事组成。每个人，都有你想不到的故事；每个故事，都有你想不到的结局。

1932年淞沪抗战期间，化名陶兰的日特策划毁灭中共地下党小组，清洗助战抗日的上海帮会排会。潜伏在排会的地下党员沈放死里逃生，接洽新的党组织烽火小组，调查前党小组和排会遇袭真相，后因斗争需要脱离排会打入敌特，遭追求进步的妻子洪瑾儿误解，排会分裂。1936年，陶兰冒充地下党潜回上海，与其安插在国民党特务机关的爪牙元杰勾结，拉拢排会陷害沈放，迷惑烽火小组，推行旨在破坏抗日激化国共矛盾的苍龙计划。沈放和烽火配合，迷惑国民党反共势力，积极引导洪瑾儿，争取排会长老昌叔和主张抗日的国民党干员周一帆、陈白羽，破获并粉碎苍龙计划，跟陶兰元杰彻底清算，付出巨大牺牲，取得胜利，团结抗日力量，投入全民族抗战洪流。