三个孩子在暑期登上一艘游轮，航行途中被不明生物从船上带离，流落到茫茫大海中央一座荒岛上。这座神秘岛屿充斥着异常巨大的动植物物种，庞大的昆虫是岛上的主要占领者，也是孩子们的最大威胁。为了逃离孤岛回到文明社会，三个孩子展开一系列自救行动，在大自然中不断奋战，数次从巨虫口下逃生。其间有一个行踪不定、敌友莫辨的土著女孩出现。随着三个都市少年与土著女孩惊险逃生之旅的深入，孤岛上被密林淹没掩藏了若干世纪的种种谜团也将层层揭开。

该游戏系列的故事发生于18世纪的日本(最初4代时间跨度为1788年到1789年)，“侍”就是武士的一种，狭义上的武士就是侍。当然游戏角色的范围并不局限于此，一些非日本人角色（包括从1788年时并不存在的地方来的角色）和幻想中的怪物也参列其中。每个角色的情节皆不相同，但是他们都围绕一组核心的人物和日本的数个地区。

阚金钊、可可兄弟俩是天界小神，无意弄翻了雨师的水桶，导致凡界一片汪洋。造成天下桑田沧海。 阚金钊被贬谪凡间，永不超脱。他只有找出不知所踪的轩辕剑，才有机会重返天庭。为回天庭，他只有不断的努力。 阚金钊到凡界后，变为昆仑派道家弟子。 魔教利用阚金钊的眼珠子可以探测到轩辕剑。 因为拥有轩辕剑可号令天下鬼神。从而达到独霸天下的神威。 魔教的人欲独霸天下，到出搜寻轩辕剑。找剑就得先得到阚金钊的眼睛。 天山派也派人来抓阚金钊。 昆仑派就得保护阚金钊。 昆仑派与魔教的矛盾是对立。 天山派与昆仑派是若即若离的。阚金钊喜欢上了天山派女弟子鹜涣。 在多次的矛盾冲突中，发生了诸多预料之外的情节 。故事最后，不是常规的通过形式来一派打倒另一派。而是一派并未象想象的那样去在功名上获得了胜利；而另一派也不是被消灭、打败。是他们自己消灭了自己。是他们自己的意志本身就有问题。 看上去是最没用的人得到了轩辕剑。他没有权利的欲望。他只是想对自己的失误负责任。因此，一念之间，沧海又成桑田了。 也许，一切都可以回到从前。然而，经过是事实。世间没有绝对完美的事物。结局是美好的，但也是有些遗憾的。透出了人生的几许无奈和淡淡的伤感。