在《超迷你战士第六季：史前大冒险》中时间追溯到了原始时代，原始人正在遭遇各种各样的烦恼，而这些烦恼是被负能量所化的“烦恼精灵”造成的！发明超过500的女娃先知制造出了充满正能量的“超迷你战士”迷你勇和迷你萌，开始了以打败烦恼精灵为目标的史前大冒险！在冒险中他们不仅认识了强族先知和不那么平凡的原始人“阿焰”，还发现了烦恼精灵的惊天秘密，先知与超迷你战士是否能突破迷雾找到真相，打败烦恼，守护世界和平呢？

超迷你战士与超超迷你战士通力合作，利用加减乘除的力量将所有烦恼星人全部变回烦恼蛋。但新的烦恼星人“恶果大王”就此登场，想女皇和萌的乱来之力让超迷你战士和烦恼星人频繁变人。另一边，疯癫的旋女贝比又来捣乱，超麻烦战士又惹出了大麻烦。正能量的女娃博士率领超迷你战士和超超迷你战士齐心协力打败烦恼和麻烦，拯救人类。

拒绝别人难吗？收过无法拒绝的礼物吗？勇敢的超迷你战士收到了烦恼星人老大想女皇的礼物，这个可怕的礼物竟然让超迷你战士失去了战斗能力！关键时刻，红发小帝带着哥哥快递小婴现身，这些欢喜冤家们能齐心协力、用快乐与勇气打败接踵而来的烦恼吗？生活需要多一点正能量！快呼叫～超迷你战士！

静电超强力？午饭变酸了！没想到这个世界除了有烦恼星人，还有麻烦分子！麻烦分子比烦恼星人还小，小到肉眼看不见，超迷你战士必须把自己缩小到千分之一，才能进入奈米世界打击新形态的敌人；麻烦分子看起来天真无辜，却能对人类世界造成极大的麻烦，到底它们从何而来，又有什么目的呢？快呼叫超迷你战士，打败你的麻烦！