消失8年，如今突然重出江湖的神秘怪盗——怪盗基德，引起了喜爱魔术表演的高中生黑羽快斗的注意，因为他父亲——世界知名魔术师黑羽盗一也是8年前去世的。快斗在阴差阳错之下，进入到父亲的密室，发现其中存放着与怪盗基德一模一样的服装。疑惑的快斗决定穿上基德服装，去今晚基德的预告现场去一探究竟……快斗发现以基德身份活动的人竟然是盗一生前的魔术助手寺井黄之助，他更从寺井口中得知父亲黑羽盗一就是怪盗基德，以及盗一其实是遭暗杀身亡的真相……快斗决定继承父亲的衣钵，成为第二代怪盗基德，以此引出杀父元凶，调查父亲的死因。

故事的主人公是喜欢魔法的高中生黑羽快斗，他的父亲是在8年前因事故而死亡的大魔法师——黑羽盗一。某日，他在房间一栋隐秘门中发现传说中的怪盗基德的衣服，于是他打算会见基德。在那里，他遇到了父亲过去的同伴——寺井，并得知父亲就是怪盗基德，而且死因不是事故死而是他杀。于是，快斗为查出杀害父亲的犯人，而自己成为了基德。