本作讲述的是一个类似边缘人的故事。主角住田佑一是一名初中三年级生，父母离婚后他就和母亲住在沿河的居处，同时经营着出租船只的业务。他渴望平凡的生活，可自己却能看见别人看不见的怪物。因某起事件，他变成独居者，因此陷入了自己是“独特的存在”的精神困境。从此之后他就没再上学，开始为了猎杀“坏家伙”而在街上徘徊……

2011年，日本发生了9级强烈地震，福岛发生核泄漏，核辐射笼罩日本。 加嘉（柳岩 饰）冒险跟未婚夫赴日见其家人。刚到富士山下赤石温泉，就被当地村民囚禁，过着禁室培欲的非人生活，懦弱的宏泰只知道借酒浇愁。加嘉的好姐妹卫凌（钟丽缇 饰）毅然赴日寻找加嘉。在探员木下（李灿森 饰）的帮 助下，调查逐渐深入，但周围的环境也越来越险恶。宏泰被人勒死在温泉池中，美智子因极度恐惧陷入疯狂，节子遇袭虽神智清醒却无法表达，忠男经常通过门缝偷窥卫凌，核辐射阴影下的居民逐渐失去人性，像鬣狗一样时刻准备咬碎卫凌这个外人…… 周围的人逐一死亡，恐怖事件逐渐升级。这一切背后还隐藏着更大的秘密……

由于某种力量，让银时突然来到自己所不存在的未来世界。彷徨无助的他，此时邂逅了两位年青人：其中一个青年戴着眼镜，抽出他别在腰间的洞爷湖木刀，将闹事者一举制伏；另一个则是与银时服装相似，带着超大型犬的美女，这两人竟然就是成长后的新八与神乐！更让银时难以置信的是，他除了目睹众人在未来的模样，更看见了冲击性的事实…。究竟过去发生了什么事？要如何才能改变这个没有银时、遍布黑暗与恐怖的未来呢？

江户时代末期（本作的20年前），被称为“天人”（あまんと）的谜之异星人来袭。于是地球人与天人之间的战争瞬即爆发，为数众多的武士和攘夷派志士都参与与天人的战斗。幕府见识到天人强大的实力后，最终向天人低头，放弃武士不管，擅自与天人签订不平等条约，准许他们入国。其后更颁布了“废刀令””，夺走了武士的刀，使他们无力反抗。自此，天人横行霸道，幕府为天人所影响，甚至被控制，成为了“傀儡政权”。