当友好的出租车司机告诉两个年轻姐妹一个名叫利奥的男孩与家人一起搬到曼哈顿的故事时，一段神奇的冒险就开始了。在适应大城市并享受圣诞节前夕，Leo意外地在中央公园丢掉了他的狗。直到一个名为Little Spirit的神奇生物出现，Leo和Little Spirit在接下来的旅程中冒险，享受城市的节日，并结识各行各业的人们。

照常进行修业之旅的小智、小刚、小霞一起辗转来到水之都奥多马雷参加紧张刺激的水上竞赛。奥多马雷流传着一个传说，在很久很久以前，岛上的老夫妇捡到一对孤儿兄妹，当邪魔出现时，两兄妹便会化作威力强大的神奇宝贝拉帝欧斯和拉帝亚斯。他们击败邪魔，并赐予奥多马雷人民“心灵水滴”的宝石作为守护。时至今日，神圣的心灵之滴却引起一对盗贼姐妹的垂涎。她们在追踪妹妹拉帝亚斯时遭遇小智并受挫，贪欲将带给水都史无前例的灾难。

科学家伦多博士为了调查住在冰原的神奇宝贝而来到这里，他的儿子小超却意外被卷入坠落时产生的暴风。在那之后经过了四年。有一天小智和皮卡丘们来到了高科技城市拉鲁斯市，小智巧遇一名少年小超，小超因为四年前的事，让他无法和神奇宝贝相处。小智和皮卡丘在知道这样的情形后积极帮小智克服这个问题，这时候突然出现了神秘神奇宝贝代欧奇希斯，以高科技城市为舞台，神奇宝贝史上最大的冒险将要展开。