武则天借万象神宫落成之际，安排能工巧匠利用阳光折射的技巧，使得万象神宫的金顶凤凰变活，展翅飞翔，并且还引来万鸟朝凤的祥瑞奇观，引得百官惊呼武则天乃是天之神女，天命所归，而武则天便可以借此良机，顺利登基，岂料风云突变，天空出现天宫，并降下石头神将砸毁金顶凤凰，让祥瑞变凶兆，武则天大怒，再次急招狄仁杰回京彻查此案！狄仁杰再次临危受命，见招拆招，以其特有的智慧和创造力，破解了又一起奇案！

继萌宝战警第二季之后，宇宙邪恶实力士星大帝以及余党铁算盘、塔库玛司令之类再次受到挫败，萌宝战警拯救了地球上的恐龙等古生物，这些活化石见证了整个地球的繁衍盛衰，同时也回归到了适合的生存环境，它们将于人类和谐共处。

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该片讲述了企鹅布非和小伙伴们在学校发生的小故事。享受了一个快乐暑假的同学们又回到了学校，新学期学校重新分了班，一些之前不认识的同学因此聚在了一起，不同的性格带来了各种各样的矛盾发生，他们之间发生了很多有趣的故事。在学习的过程中，有得也有失，有欢笑也有辛酸，相处的点点滴滴终将成为大家心中永远的美好回忆。