本剧讲述上世纪二十年代，美国著名探险家史蒂文教授写信让在美国求学的中国学生顾小培立即启程回国，因他在中国北方找到了惊天大宝藏！回到中国的顾小培却失去了教授的音讯，在寻找教授的过程中她结识到了曾经是一名军人并具有正义感与好身手的博东衡，俩人决定一起寻找教授及宝藏。通过巧施计策，他们终于摸清了真相，证实教授已经死亡，但他留下了一份藏宝图。不少探险者及一个神秘组织同样在寻找这份藏宝图。

铠甲勇士们齐心协力封印了暗影黑魔兽后，城市恢复了宁静与幸福，ERP组织也逐渐缩小了规模，由于之前并没有对异能兽10号成功封印，于是美真寻找到了子阳（拥有五个光影村遗传血液），希望在危难出现时，子阳可以阻止最后一只异能兽并将其封印，这样地球上的宇宙暗影力量就可以彻底消灭。子阳和阿介是从小长大的好哥们，他们一起经营着“幸福的一口”餐车的生意。 阿介意外结识了爱慕已久的女主播安彤，安彤误以为阿介是铠甲勇士。被封印在魔盒里的异能兽为了实现统治地球的野心，迷惑一个青年制造出新的异变魔兽在市区引起多番混乱。阿介为了圆谎将铠甲勇士的腰带带去约会，谁知异变魔兽突然出现，腰带意外损坏，子阳无法变身为铠甲勇士。黑暗的邪恶势力又卷土重来了，他们誓要毁灭地球，让人类落入无尽的黑暗，子阳可以穿上铠甲，保护地球吗？

2072年，超级电脑僵王化身为人形阎神，计划利用时空通道回到古代，抢走能更改人类历史的天龙珠。铠甲勇士信一、志凯、筱筱从铠甲军指挥官徐战参处得知消息后，为拯救人类文明不被改写，决定穿越时空去与阎神展开对天龙珠争夺。 众人来到清代的紫禁城，信一召唤捕王铠甲，打败阎神部下鼠将僵傀，并夺得第一课天龙珠。 当来到第三颗天龙珠的地点——秦皇陵，众人受到层层阻挠，被阎神夺取了清代的天龙珠，同时信一得知了自己未来命运的秘密。铠甲勇士们迎来了一场空前的危机……

五千年前，宇宙的最大黑暗势力暗影大帝对太阳系有着旺盛生命体的地球发动侵略，并派出了暗影五行魔率领了50个魔灵石（魔灵石能与地球上的生命结合为暗影异能兽）来到了地球，暗影五行魔当时选中了有着高度文明的古中国作为首要毁灭的对象，太阳系的守护者太阳星，为了预防地球被暗影势力所吞噬毁灭，于是向古中国发射了五颗光影石，这五颗光影石分别能与形成地球万物的五行元素结合，形成五套能在光和影中穿梭战斗的铠甲光影铠甲，而能召唤这些光影铠甲的人，就是当初这五颗光影石分别落地的五个村落中的人们，不管时代的变迁，只要这些村人遗传的血液仍在，他们就能透过光影石的力量，召唤光影铠甲来执行与暗影集团的神圣战斗！

2069年，超智能电脑僵王利用合成体僵傀控制世界，遭到人类的抵抗，为了统治世界并管理人类，超智能电脑派遣无间妖、机人与众僵傀回到2016年，收集人类的感知信息码，提供给超智能电脑。2016年，被夺走感知信息码的人变得毫无情感，如行尸走肉一般，人类社会惨遭涂炭。受害者苏筱筱失去记忆，流浪在城市中。充满热情的南宫信一收留了苏筱筱，并决心帮助苏筱筱找回记忆。寻找记忆过程中，他们不断受到僵傀的袭击，在危急时刻，又出现神秘的捕将铠甲帮助信一。信一面对诸多邪恶力量，一直坚持正义的信念，燃烧不尽的热情，最终消灭了整个邪恶势力，解救了城市危机。