小黑怪等黑暗势力的计划屡次被星猫和他的伙伴们粉碎，黑魔王大发雷霆。为了尽快搜集更大量的精神之光来解开自己身上的封印，黑魔 。王焦急地授意小黑怪去破坏孕育中华民族五千年文明的河流，并一路毁坏那些跟中华文明有关的事物。 　　同时星猫带领的宇宙警卫队察觉到黑魔王的这次阴谋，决定阻止他们的破坏行动，保卫中华文明的发祥地 ，维护世界的和平。正义与邪恶的较量即将展开，到底小黑怪等黑暗势力会使出怎样邪恶的手段与阴谋，我们的星猫和他的外星伙伴们又该如何面对呢……

为捍卫宇宙和平和地球安宁，星猫战队追逐黑魔王爪牙小黑怪来到古代地球。在时空中躲避追捕的小黑怪，带领手下驾驶机器人闯入明朝南京的花灯会。现场花灯因为小黑怪疯狂吸收精神之光而石化，人们陷入恐慌。星猫战队赶到，双方在空中展开激烈的战斗。小黑怪出动秘密武器•黑怪合体机器人，以出人意料的强大火力打散星猫合体机器人，星猫战队被迫撤退，自愿留下掩护的疾风号失去能量，滞留明初南京城外无法回到基地。

1960年代的香港，因生母在阿飞旭仔（张国荣）长大成人过程中的缺失，他把自己优雅地比喻为“无根鸟”，对生命中遇到的每一个女人都表现得放荡不羁，售票员苏丽珍（张曼玉）和舞女咪咪（刘嘉玲）先后令他感受过温暖，可是她们也只能当当小情人。为摆脱沉重和无力感，旭仔抛下一切去南洋找寻生母。 暗恋过苏丽珍且目睹过她与旭仔情感一路变化的，曾是小巡警今在跑船的超仔（刘德华）在菲律宾又遇到旭仔，是缘分也是宿命，他参与、见证了阿飞命运被改写的过程。