影片背景设置在11世纪的波斯，一位英国人为了学习医术掩盖其天主教徒的身份，加入了伊斯巴罕一所只招收穆斯林和犹太人的医学院。他治随的老师名叫阿维森纳，是历史上著名的犹太科学家、思想家和医生。阿维森纳的著作达200多种，最著名的有《哲学、科学大全》，在当时是高水平的百科全书；另一部巨著是《医典》，直到17世纪西方国家还视为医学经典，至今仍有参考价值。《神医》结合史诗与虚构，展现了在那个被愚昧和迷信统治的世纪里一群人探索真知的无畏精神。

影片讲的是一位犹太作家、记者为解决巴以冲突，建立以色列国奔走的故事。故事来源于一本同名小说。

1972年在联邦德国举办的第20届奥运会上，巴勒斯坦的极端恐怖组织黑色九月闯进了奥运村绑架了11名以色列运动员，以此要挟以色列释放被关押的该组织成员。联邦德国的警察草率对待了这次绑架事件，他们直接冲进了恐怖组织的巢穴企图武装营救人质，孰料导致了11名以色列运动员全部遇难。事件发生之后，以色列摩萨德高层迅速训练了一批特工，展开了对黑色九月组织以及相关的巴勒斯坦人血腥的报复。他们不用理解他们暗杀目标的选定方式，也不用明白名单上的人从何来的，他们所要做的就是不惜一切代价杀掉目标。随着经历的事情越来越多，杀手们开始怀疑自己的所作所为是否正确。

怪物艾比乐乐为了躲避军方的袭击，躲进了一个名叫亚当的小男孩家里。很快，亚当便在车库里发现了它。亚当在学校的图书馆里查探艾比乐乐的相关资料却一无所获。但其实，外人口中凶狠残暴的怪物艾比乐乐一点也不凶恶，反而是个黑乎乎的萌胖子。很快，艾比乐乐和亚当交起了朋友，有了艾比乐乐的特殊能力帮助，亚当度过了一段快乐的时光。然而，军方派来抓捕艾比乐乐的部队也随之而来，他们派兵包围了艾比乐乐和亚当。最终，亚当为了保护艾比乐乐，不惜挡在了艾比乐乐的身前，准备迎接军方的炮火攻击，因为亚当在同艾比乐乐相处的过程中，早已经把艾比乐乐当成了自己最好的朋友。