鸿上在欧洲挖掘遗迹时不小心让被封印的炼金术师盖拉复活了，盖拉企图夺取核心硬币来毁灭世界，并利用硬币的力量让时空发生了错乱，映司、安库和比奈等人被传送至了江户时代，他们将和德川幕府第八代将军德川吉宗一起联手对抗盖拉，拯救全世界。

美术馆仓库内的一副石棺因为意外而打开，被封印了800年的Greeed因此而复活。复活后的Greeed力量并不完全，所以他们以组成身体的硬币制造出“Yummy”。Yummy通过吸食人类欲望而成长，同时体内的硬币也会增加。Greeed以此收集硬币。偶然卷入复活事件的无理想、无欲望青年火野映司，因为自身的正义感而与Yummy战斗。而五个Greeed之一的Ankh，因为硬币的不足而导致除右手外都不能变身。Ankh看中了映司单纯的性格，于是把OOO Driver交给映司，让映司变身为假面骑士OOO消灭Yummy，自己从中获得硬币。假面骑士OOO的战斗到底会如何？Ankh能否重新获得身体？同时，与Greeed有莫大关系的“鸿上基金会”的目的又是什么？带着众多谜团，假面骑士OOO的故事开始了……

与异魔神作战的假面骑士欧兹遇到了乘坐时间列车电王号来到现代的新电王。异魔神逃往了1971年11月11日，幸太郎和泰迪追了过去，映司和安库也一同上了列车。在过去的时空里，幸太郎变身成新电王打倒了异魔神，然而谁都没有察觉到安库不小心弄丢了一枚细胞硬币。映司一行人回到了2011年4月1日，发现日本已经被邪恶集团修卡给统治了，而且修卡最强的改造人竟然是假面骑士1号和2号。原来历史会发生改变正是由于那枚丢失的硬币。修卡的科学家用核心硬币造出了修卡硬币，修卡硬币吸收了安库丢失的细胞硬币后，诞生出了强大的修卡贪欲者，他打败了假面骑士1号和2号，并给1号和2号洗脑，此后再无新的正义假面骑士出现。为了修复历史，消灭邪恶力量，时间列车再度驶往过去，映司则单独留在现代与怪人们作战，他们将一同保护假面骑士的历史。

由爱媛到东京的完治，在机场被同事莉香迎接，二人工作时，莉香开始爱上了完治，但完治心中所爱的是由高中时代一直暗恋着的里美，但里美所爱的却又是三上。最终莉香终于把完治的心敲开了，正当完治与莉香二人生活过得甜蜜，三上及里美之间竟又插入三上的同学尚子。里美伤心欲绝之时，在身边慰勉的人只有完治，里美此时才发现自己原来爱的是完治……