时值1924年春天。距离遮天盖地的大破坏带来的黑暗已经十年，西欧虽然暂时重返和平，但也预告下一次黑暗的到来——少年身处荡漾的孤独波纹之中。由东方国度来到西欧小国·苏瓦尔的山中学园·圣玛格丽特学园，这名少年名为久城一弥。不知为何总是冷淡以待的贵族学生、笼罩整个学园的各种怪异传闻、以及语言与文化的障壁。一弥一边听着周围的人们要求自己认真向学，一边过着有如在薄膜之中挣扎的日子。 　　然而故事终究由一起杀人事件揭开序幕。 　　以此为契机，拥有智慧之泉的少女维多利加在学园的图书馆塔与一弥相遇。少年与少女由此踏入巨大漩涡之中。

第二季中，在充满日本风情的小乡村霞高原町“霞之里”私立志能备学园里，为了拜自己憧憬着的忍者“市川电藏”为师而来到了“志能备学园”的女孩子向日葵，和为了偿还被骗走的借金而来到学校的新任教师万里小路隼人，他们之间闹腾故事还将继续……然而，学校中的神秘组织却吧恐怖黑手伸向了学园。 　　一天，校...