致命的感染突然袭击了奥尔良市，整个城市陷入了恐慌，海豹突击队为了全城安危必须和僵尸展开惨烈的斗争。

距上一次的冒险已经过去11个年头，转眼间安迪（约翰·莫里斯 John Morris 配音）变成了17岁的阳光男孩。这年夏天，安迪即将开始大学生活，他必须将自己的房间收拾整齐留给妹妹。此前，伍迪（汤姆·汉克斯 Tom Hanks 配音）与巴斯光年（蒂姆·艾伦 Tim Allen 配音）等玩具一直期待安迪再和他们玩耍，但是随着岁月的流逝，他们被冷落在箱子里很久了。安迪十分珍惜这些童年的玩伴，于是准备将他们收在阁楼。谁曾想，妈妈却把玩具们当作废物扔到街道上。玩具们误解了安迪，于是愤然出走，宁可被捐赠到阳光之家幼儿园。 伍迪尽力劝解大家，却收效甚微，只得独自黯然离开。巴斯光年他们原本以为将重新回到往昔的快乐时光，不料却陷入一场阴谋之中……

无知的人类，往往灾难性事件的始作俑者……一场大面积的病毒突然爆发，传播速度之快几乎无人能够阻止，没有人知道可怕的病毒之源开始于何处，只知道它是没办法停止的、不可逆转的、无法治愈的，最重要的是，它是人为创造出来的。 罗伯特·奈维尔是纽约市一个才华横溢的病原体学者，为美国军方服务...

吉蒂是一个天真喜欢听人讲故事的小女孩，他们一家人经营着一座农场。一日，她像往常一样在农场玩耍时，发现了一个被关起来的老人。在参加完葬礼后的吉蒂偶然间偷听到了父母吵架的内容，当她得知家里负债将要失去农场的时候，不知所措的吉蒂决定去找那个被关起来的老人以求得到慰藉。此后，吉蒂经常去找老人聊天，并带给了他很多吃的。在与老人一次又一次的接触中，吉蒂慢慢知道了老人被关起来的原因。在解救老人和保护家人之间，她又该作何选择呢？

飞行员迪克斯（约翰•特拉沃塔 John Travolta 饰）和希尔上教（克里斯汀•史莱特 Christian Slater 饰）搭档多年，虽然表现出色，但一直没有获得晋升。心中不服气的迪克斯决定用自己的手段向政府讨回他应得的一切。于是，在一次飞行任务中，迪克斯为了劫持隐形飞机上的两枚核弹，将希尔打出了机舱，幸亏希尔携带有降落伞，才幸免于难。迪克斯取得核弹后，向政府要挟巨额赎金，不然就将在城市中引爆核弹。另一方面，希尔和美丽女警泰丽（萨曼莎•玛西丝 Samantha Mathis 饰）正在极力追寻迪克斯，抢回核弹！