在《蚂蚁男孩》的故事中，主角佩尔是一个只有12岁的少年。而12岁的年纪总容易沉迷于幻想的世界里，佩尔也不例外。但小个子的他在学校总不那么显眼，为此他十分沮丧。一次，佩尔无意中被蚂蚁咬了之后，竟然获得了超级力量。在漫画书呆子威廉的帮助下，佩尔创造了一个蚂蚁男孩的超级英雄秘密身份。当一个超级恶棍跳蚤出现时，蚂蚁男孩必须面对巨大的挑战……

凯利小镇是一个美丽宁静的小镇，某天一声尖叫震惊了全镇。原来是阿尔伯特降生了，他一出生便会说话，而且聪明伶俐，力大无比，无所不能。父母十分宠爱这个健康有活力的孩子。然而小镇的居民被这个淘气的孩子闹得鸡犬不宁，他竟然把镇上引以为傲的热气球上尉的雕塑撞毁了。阿尔伯特在镇上居民对撞毁雕塑的事而耿耿于怀下慢慢长大，一次他终于爆发，拉着最好的朋友埃贡打算在原雕塑之地放一个真正的热气球，然而事与愿违，再次搞砸遭嫌弃，于是阿尔伯特宣布自己将带回一个真正的热气球上尉。小小的阿尔伯特拉着好友埃贡以鱼桶为船，开始了冒险计划。他俩在水中漂流时被盗贼拉波罗截住，拉波罗谎称自己的钻石被光头商人偷走，让他俩去加勒瓦德市场帮忙偷回来。在市场上，阿尔伯特帮一位农夫巧妙取回被奸商骗取的山羊、拆穿骗人的魔术表演、并和埃贡一起偷走钻石。然而很快被人举报，警察开始追捕他俩，埃贡被女孩胡米利亚救走，阿尔伯特则逃过追捕将钻石交给拉波罗。而当钻石交到拉波罗手中，阿尔伯特才发现自己被骗了。随后他和埃贡、胡米利亚一起与拉波罗及其同伙斗智斗勇，最终从其手中偷回了钻石。然而阿尔伯特和埃贡在将钻石还给光头商人的途中被警察抓住，警察误以为他俩是小偷，幸亏胡米利亚的爷爷——热气球上尉奥波杜斯帮忙，他俩得以证明自己的清白。

基于加州连环杀手William Bonin的真实故事改编。

蚂蚁男孩佩尔比以往任何时候都受人关注，他打败了仇敌“跳蚤”，现在跳蚤被关进了一家研究所的监狱里。佩尔转眼13岁了，他也已经习惯了超级英雄的身份。在理想状态中，佩尔的搭档艾达会是他的女友，但现实的情况是复杂的，艾达现在有一个意想不到的对手那就是学校里一个小男孩，这个小男孩独来独往，他不仅不断阻止艾达接近佩尔，而且还是一位比跳蚤还要厉害的对手。更可怕的是，佩尔逐渐发现自己被控制，但是现在他遇到了一个新的也更强大的敌人，敌人有隐身的技能，难以琢磨，经常使他陷入困境之中，此时，一个超级大反派也宣布到来，佩尔面临着前所未有的挑战。