废柴女神莉丝塔要负责拯救超难模式的世界。虽然成功召唤出能力值高到犯规的勇者圣哉，没想到他却谨慎到超乎想像……「我要三副盔甲。一副拿来穿，一副备用，还有一副是备用不见时的备用。」不仅囤积异常的库存，还自主训练到满等为止，谨慎到连打史莱姆都全力以赴！如此谨慎的勇者和被他耍得团团转的女神，即将展开冒险旅程！

当小智知道合众地区亦有神奇宝贝联盟后，便马上报名和踏上新的旅程，途中更遇上艾莉丝、牙牙与天桐，新的冒险就这样开始了。而冒险随之而来的是脱胎换骨的火箭队，另外在寻找新的神奇宝贝以及新的邂逅的道路上，有更多的考验在等着他们。

讲述主人公小智揭开从来没有任何人看到过的传说中的神兽Zygarde隐藏的秘密，并且与神秘组织“闪光团”展开激战的故事。小智的精灵甲贺忍蛙出现了不可思议的变化。

这一次，小智因为抽中了大奖而来到了阿罗拉地区旅行，在旅途中他遇到了全新的精灵宝可梦和全新的伙伴，大家一起开启了崭新的冒险。

心中怀着新的理想告别了同伴天桐和艾莉丝，立志成为宝可梦大师的小智带着皮卡丘来到了卡洛斯，在卡洛斯与新认识的旅行伙伴莎莉娜、希特隆、柚莉嘉和新的宝可梦相遇。在寻找新的宝可梦以及新的邂逅的道路上，有更多的考验在等着他们。