平泽百百子是在酒店咖啡厅工作的平凡女孩，一次偶然中，她在展望台邂逅了一位身份神秘的男子，那一天，他们之间仿佛被施了某种魔法一般的产生了巨大的吸引力，两人接吻了，这个连名字都不知道的男人夺走了百百子的心。 之后，百百子震惊的发现，这个男人的真实身份，竟然是酒店经理长谷慧，也就是自己的上司。百百子无法忘记那天晚上的吻，但长谷冷淡的态度让她不知所措。那个吻是梦还是幻，与成熟男人最甜蜜、最刺激的恋爱，现在开始了。

讲述主人公小智揭开从来没有任何人看到过的传说中的神兽Zygarde隐藏的秘密，并且与神秘组织“闪光团”展开激战的故事。小智的精灵甲贺忍蛙出现了不可思议的变化。

心中怀着新的理想告别了同伴天桐和艾莉丝，立志成为宝可梦大师的小智带着皮卡丘来到了卡洛斯，在卡洛斯与新认识的旅行伙伴莎莉娜、希特隆、柚莉嘉和新的宝可梦相遇。在寻找新的宝可梦以及新的邂逅的道路上，有更多的考验在等着他们。

以卡洛斯地区的米亚雷市为起始城镇，小智和皮卡丘在那里遇到了至今为止从未遇到的全新口袋妖怪，以及新的旅伴。目标成为口袋妖怪大师的小智，带上皮卡丘向卡洛斯地区联赛发起了挑战。